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392001
Vorlesung | | Algorithmen und Datenstrukturen II | | Hofestädt |
| | | Die Vorlesung Algorithmen und Datenstrukturen II führt wie Algorithmen und Datenstrukturen I in grundlegende Konzepte der Informatik ein. Beide behandeln Themen wie Spezifikation und Algorithmus, Korrektheit und Effizienz, Syntax und Semantik, etc. Zugleich erfolgt eine Einführung in das objektorientierte Programmieren in Java. Vorkenntnisse: Algorithmen und Datenstrukturen I. |
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| 392002 | | Übung zu 392001 - Algorithmen und Datenstrukturen II | | Niemann |
| Übung | | | | |
| | | Die Einteilung der Uebungsgruppen sowie die Uebungstermine werden unter www.techfak.uni-bielefeld.de/~mniemann bekannt gegeben. |
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| 392011 | | Datenbanken I | | Hofestädt |
| Vorlesung | | Zeit: Di, 14-16 Uhr Ort: U2-205 | | |
| | | Inhalte der Vorlesung:
Relationen, Relationale Algebra, Konzeption einer Datenbank, ER-Modell, Realtionale Datenbanken, Architekturen von Datenbanken, Anfragesprachen, Architekturen verfügbarer "Molekularer Datenbanken".
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| 392012 | | Übungen zu 392011- Datenbanken I | | Freier |
| Übung | | Zeit: Di, 16-18 Uhr Ort: V2-213 | | |
| | | Übung zu Veranstaltung 392011 (s. oben) |
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| 392122 | | Metabolische Netzwerke / Virtuelle Zelle | | Hofestädt, Freier |
| Seminar | | Zeit: Mi, 16-18 Uhr Ort: D5-113 | | |
| | | Die Aufklärung von Grundprinzipien des Stoffwechsels (Metabolismus) hat in den vergangenen Jahrzehnten wesentlich zum medizinischen Fortschritt beigetragen. Das vorhandene Wissen über normale und pathologisch (gestörte) Funktionen von Organen und Geweben wurde erheblich erweitert. Daraus folgt die Tatsache, dass die genaue Analyse und Bewertung biologischer Tatbestände durch die unüberschaubare Komplexität der Informationen erschwert wird. Das Aufgabenspektrum spezialisierter Softwarewerkzeuge auf diesem Gebiet ist anspruchsvoll und breit gefächert. Beginnend bei der Aufbereitung der Eingabedaten aus weltweit über 350 Datenbanken, über die topologische Analyse komplexer biologischer Netzwerke bis hin zur quantitativen Simulation und Visualisierung metabolischer und physiologischer Regelsysteme (Biokybernetik) kommen unterschiedlichste Algorithmen und Werkzeuge zum Einsatz. Im Seminar ,,Metabolische Netzwerke - Virtuelle Zelle" werden aktuelle Arbeiten auf diesem Gebiet recherchiert und im Rahmen von Kurzvorträgen und Softwaredemonstrationen vorgestellt und diskutiert. Die erste Veranstaltung mit der Vergabe der Themen fand am 23. April um 14.00 Uhr in Raum D5-113 statt. Interessierte Teilnehmer können sich auch in die Liste - Raum D5-114 eintragen und/oder sich innerhalb der ersten beiden Semesterwochen für ein Thema entscheiden. |
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| 394001 | | Sequenzanalysepraktikum | | Lorenz, Rüegg |
| Praktikum | | Zeit: Do, 14.00-16.00 Ort: V2 | | |
| | | Zu den täglichen Aufgaben der Molekularen Biologie und Bioinformatik gehört die Benutzung einer wachsenden Anzahl von Software-Werkzeugen, die das Internet zur Verfügung stellt. Dazu gehört der Zugriff auf die großen Datenbanken (GenBank, EMBL, etc.), "Suche nach Homologen Sequenzen", "Vergleich von Sequenzfamilien" und "Bestimmung von Sekundär- und Tertiärstrukturen". Anhand biologisch motivierter Aufgabenstellungen werden Erfahrungen im Umgang mit diesen Werkzeugen vermittelt.
Die Veranstaltung richtet sich an Studierende im Hauptstudium NWI/Biotechnologie und Studierende des B. Sc. Bioinformatik und Genomforschung im vierten Semester.
Die Teilnehmerzahl ist beschränkt. Interessenten tragen sich bitte in die entsprechende Teilnehmerliste ein (Raum D5-116).
Die Übung setzt Vorkenntnisse aus den Vorlesungen „Molekulare Genetik I und II" und „Grundlagen der Sequenzanalyse“ voraus. Diese können auch parallel zur Übung, z.B. anhand des Skriptes „Grundlagen der Sequenzanalyse“ von S. Kurtz erworben werden. |
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| 392124 | | Parallele Datenverarbeitung | | Niemann |
| Seminar | | | | |
| | | In dem Seminar werden Grundlagen der parallelen Datenverarbeitung vermittelt. Zu den moeglichen Themen gehoeren:
- Parallele Berechnungsmodelle
- Parallele Programmierparadigmen
- Cluster Architekturen
- Message Passing
Weitere Informationen findet man unter www.techfak.uni-bielefeld.de/~mniemann |
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92134
Projektseminar | | Mediabolics II | | Lorenz, Kix |
| | | Lehrveranstaltung läuft seit dem WiSe 02/03. Es werden keine neuen Teilnehmer aufgenommen. |
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392164
Projektseminar | | Automatisierte Modellierung und Simulation Molekularbiologischer Prozesse | | Chen, Köhler |
| | | Lehrveranstaltung läuft seit dem WiSe 02/03. Es werden keine neuen Teilnehmer aufgenommen. |
| | | More Information |
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| 392130 | | Biologische Netzwerke | | Whitehead, Skusa |
| Seminar | | | | Köhler |
| | | Ökosysteme, Organismen und Zellen bestehen aus vielen hochvernetzten Komponenten. Konkrete Beispiele für Biologische Netze sind Stoffwechselwege, Genwirknetze und Ökologische Nahrungsnetze. Die Analyse dieser Netzwerke ist unter anderem bei der Medikamentenentwicklung und der Untersuchung der Stabilität von Ökosystemen von Bedeutung.
Im Seminar geht es darum, wie biologische Fragestellungen unter Verwendung von graphtheoretischen Ansätzen beantwortet werden können. Hierbei spielen verschiedene Techniken der Informatik eine Rolle, z.B. die Erzeugung von Netzwerken (Text Mining, Datenbankintegration, Labordaten), graphbasierte Analyse (Klassen von Graphen, Topologische Analyse) und die Visualisierung von Netzwerken.
Die Lehrveranstaltung unterscheidet sich insofern von anderen Seminaren, als dass anstelle von “Reihum Vorträgen“, die Teilnehmer alle Themen gemeinsam erarbeiten. Wie das genau funktioniert, wird am Vorbesprechungstermin, 24.4. um 13ct in D5-113 erläutert. |
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392155
Projektseminar | | Auswertung und Analyse von Mikroarray Ergebnissen
| | Köhler, Freier, Schmitt-John |
| | | Das Projektseminar wird zusammen von der AG Bioinformatik und der AG Entwicklungsbiologie betreut. Studenten der Biologie und des Technischen Fakultät (Studiengang NWI und Bioinformatik) können an der Lehrveranstaltung teilnehmen. Studenten der Biologie Können die Lehr-veranstaltung auch als Seminar anrechnen lassen. Microarrays sind eine neue Technologie mit der man experimentell he-rausfinden kann, welche Gene in einem “kranken“ Organismus im ver-gleich zu einem “gesunden“ Organismus unterschiedlich exprimiert sind (hoch oder runter reguliert sind). Daher ist die Auswertung der Ergeb-nisse von Mikroarray Experimenten von großer angewandter Bedeu-tung. Um Microarray Ergebnisse angemessen interpretieren zu können, ist es besonders interessant, die Beziehung zu biologischen Systemen herzustellen, also zu analysieren an welcher Stelle im Metabolismus, bei der Genregulation etc. die unterschiedlich exprimierten Gene eine Rolle spielen. Für diese Auswertung werden Genregulatorische Netze, Protein Interaktionsnetzwerke Metabolische Netzwerke etc. visualisiert und in Zusammenhang mit Mikroarray Ergebnissen analysiert. Von der Bioinformatik Seite spielen hierbei insbesondere Techniken der Datenbankintegration, Graphanalyse, Visualisierung von Netzwerken, XML und Datenbanken eine Rolle. |
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392139
Seminar | | Arbeitsgemeinschaft Bioinformatik
Zeit: Do, 11.00-12.30 Ort: D5-113 | | Hofestädt, Lorenz |
| | | Ausgewählte Themen der Bioinformatik |
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