Lectures in WiSe 02/03 at the Bioinformatics / Medical Informatics Department:

Automatisierte Modellierung und Simulation Molekularbiologischer Prozesse

Ziel des Projektseminars ist die Konzipierung und Realisierung eines Werkzeuges zur Simulation molekularbiologischer Prozesse. Die Simulation soll hierbei auf der Basis einer bestimmten Art von Graphen (Petri-Netze) erfolgen, für die bisher kein geeignetes Werkzeug zum Einsatz für biologische Zwecke existiert. Die für die Simulationen molekularbiologischer Prozesse erforderlichen Daten in Form von Reaktionsgleichungen sind in weltweit verteilten Datenbanken öffentlich zugänglich. Um diese Daten nicht manuell erfassen zu müssen, soll das Werkzeug den automatischen Datenimport unterstützen. Aus diesen Daten sollen dann Petri-Netze automatisch erzeugt werden, die sowohl manuell erweiterbar als auch direkt simulierbar sind. Weitere Aspekte des Werkzeuges sind z.B. die Anbindung einer Datenbank zur Speicherung der automatisch importierten Daten, die Umsetzung geeigneter Zugriffs- und Navigationsmöglichkeiten zu den Modellen, die graphische Auswertung von Simulationsläufen sowie ein XML-basiertes Austauschformat.Das Werkzeug soll in der Programmiersprache Java entwickelt werden, wobei soweit wie möglich OpenSource verfügbare Programmpakete und Komponenten verwendet werden (z.B. die Datenbank PostgreSQL).