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| 392166 | | Arbeitsgemeinschaft Bioinformatik/ Medizinische Informatik | | Hofestädt |
| AG-Seminar | | Zeit: Do, 11.00-12.30 Ort: D5-113 | | |
| | | Ausgewählte Kapitel zum Thema Datenbankintegration. |
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392106
Vorlesung
| | Parallele Algorithmen
Zeit: Di, 14.00-16.00 Ort: T2-226 | | Hofestädt |
| | | Ausgangspunkt ist die Definition paralleler Algorithmen. Grundlegende theoretische Modelle der parallelen Datenverarbeitung werden vorgestellt (z.B. Schaltkreise, P-RAM). Der Entwurf paralleler Algorithmen wird diskutiert. Grundkonzepte parallele Architekturen werden vorgestellt. Parallele Algorithmen auf der Grundlage des "message passing" Konzeptes werden in der Übung am verfügbaren Parallelrechner implementiert und getestet. |
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392107
Übung | | Übungen zu Parallele Algorithmen (392106)
Zeit: N.N. Ort: N.N | | |
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392148
Seminar | | Metabolische Netzwerke
Zeit: Di, 16.00-18.00 Ort: D5-113 | | Hofestädt |
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| | | Im Seminar wird Literatur zum Thema "Metabolische Netzwerke" behandelt. |
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| 392108 Vorlesung | | Modellierung und Simulation metabolischer Wirknetze
Zeit: Mo, 12.00-14.00 Ort: C01-226 | | Hofestädt |
| | | Die Vorlesung gibt einen Überblick über die existierenden Modellansätze zur Modellierung metabolischer Netzwerke. Darstellung der regelbasierten Modellierung sowie der Modellierung mit Petrinetzen. Überblick über die verfügbaren Datenquellen im Internet sowie die verfügbaren Simulatoren. Ansatz zur Integration der Datenquellen und Simulatoren. |
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392109
Übung | | Modellierung u. Simulation metabolischer Wirknetze
Zeit: Mittwochs, 14-15.30 Uhr; Ort: D5-113 | | |
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In der Übung Modellierung u. Simulation metabolischer Wirknetze werden verschiedene Themen aus der Vorlesung vertieft behandelt und praktisch nachvollzogen. Schwerpunkte der Übung sind:
- Design molekularer Datenbanken
- Dynamische Modellierung von Pathways
- Datenvisualisierung
Die Aufgaben zur Übung einhalten jeweils kleine Implementierungen der diskutierten Ansätze unter Anwendung aktueller Technologien aus den Bereichen OOP (Java), Netzwerken und Datenbanken. |
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| 392163 Kolloquium | | CeBiTec-Kolloquium
Zeit: Mo 17.00-19.00 Ort: H7 | | Giegerich, Hofestädt,Stoye |
| | | In dieser Veranstaltung wird in Vorträgen über aktuelle Themen aus
Biotechnologie, Bioinformatik und Genomforschung berichtet. |
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392138
Seminar | | Simulation thermodynamischer Prozesse
Zeit: Di 14.00-16.00 Uhr
Ort: D5-113 | | Lorenz |
| | | In dem Seminar werden Grundlagen und Algorithmen für den Anwendungsbereich „Simulation thermodynamischer Prozesse“ erarbeitet. Zu den Themen gehören: - Grundbegriffe der Thermodynamik (Zustandsgrößen und Stoffeigenschaften)
- Ideales und das reales Gas
- Phasenübergänge
- Thermodynamische Systeme
- 1.Hauptsatz der Thermodynamik (Bilanz mechanischer und thermischer Energien)
- 2. Hauptsatz der Thermodynamik (Entropiebegriff) für offene und geschlossenen Systeme
- Mathematische Beschreibung thermodynamischer Prozesse (Carnot-Prozess und technische Kreisprozesse)
- Thermodynamische Maschinen (Wärmekraft- und Kältemaschinen)
- Algorithmen zur Simulation der oben genannten Themen
Das Seminar richtet sich an Studierende im NWI-Hauptstudium. Interessierte TeilnehmerInnen tragen sich auf D5-116 in die entsprechende Liste ein. Literatur: Physical Chemistry, Atkins
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392159
Projekt | | Mediabolics-III: Hypermedia in der Systembiologie
Zeit: Do 14.00 - 17.00 Uhr
Ort: D5-113 | | |
| | | Ziel ist es, die Seminar-TeilnehmerInnen mit theoretischen und vordergründig praktischen Aspekten zum Thema „Hypermedia Lernumgebungen in der Systembiologie“ vertraut zu machen. Das interdisziplinäre Projektseminar orientiert sich in Hinblick auf Denkweise und Zielsetzung an realer industrieller Projektarbeit. Ausgehend von einem konkreten Lern-Szenario werden sämtliche konstruktiven Phasen und Tätigkeiten des Entwicklungsprozesses durchlaufen. Dabei sollen ú.a. die folgenden Themen behandelt werden: - Lernparadigmen
- Teachware: Software im didaktischen Einsatz
- Konzeption und Realisierung von Hypermedia Lern-Umgebungen
- Content-Management Systeme
- Erstellung von interaktiven Simulationskomponenten
Das wichtigste Resultat ist ein konkretes webbasiertes Hypermedia-Informations- und Lehrsystem, welches im Anschluss an das Projekt einen fester Bestandteil in der universitären Ausbildung im Bereich der Systembiologie darstellt. Dabei soll ein bereits existierendes System erweitert werden. Das Seminar hat eine Laufzeit von 12 Monaten und ist auf 12 Teilnehmer beschränkt. Es richtet sich an Studierende im NWI-Hauptstudium und an Studierende des Bachelor-Studiengangs Mediengestaltung. Den Teilnehmern wird für die Laufzeit des Projekts ein Notebook zur Verfügung gestellt (gegen Leihgebühr), sofern sie nicht selbst über ein eigenes verfügen. Interessierte TeilnehmerInnen tragen sich auf D5-116 in die entsprechende Liste ein. |
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392150
Projekt | | Informationsextraktion aus Biomedizinischen Texten
Zeit: vorläufig Mi, 16.15 - 17.45 Ort: D5-113
Vorbesprechung: Mi, 15.10.03, 16.15 in D5-113 | | Andre Skusa
Alexander Rüegg
Jacob Köhler | |
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| | | In der AG Bioinformatik wurde ONDEX, ein System zur Indizierung von Texten, entwickelt, mit dem Begriffe einer Ontologie (elektronisches Wörterbuch) den Worten der Texte zugeordnet werden können. Damit ist es möglich, Fach- und andere Begriffe in Texten zu finden, obwohl sie dort in einer anderen grammatikalischen Form, als Synonym oder Homonym (Teekesselchen) verwendet werden. Dies spielt besonders in der Molekularbiologie eine bedeutende Rolle, denn oftmals hat ein und dasselbe Gen mehrere unterschiedliche Namen, und viele Begriffe haben je nach Kontext eine unterschiedliche Bedeutung.
In dem Projekt geht es darum, verschiedene Anwendungen für die Nutzung von ONDEX zu entwickeln: Beispiele hierfür sind Volltextsuche, die anwendungsspezifische Extraktion von biologischem Wissen, sowie das Clustern von ähnlichen Texten. Darüber hinaus können weitere Themen zur Verbesserung der Qualität und Performanz des Indiziervorgangs selbst bearbeitet werden.
Eine prototypische Implementierung von ONDEX entstand im Rahmen eines Projektseminars. Es geht jedoch nicht darum die Fehler des vorhergehenden Projektseminars auszumerzen (das machen derzeit die Betreuer des Projektes selbst), sondern darum, die Indiziertechnik für verschiedene Anwendungen einzusetzen. Eine Beispielanwendung ist die Extraktion von Informationen zu interzellulärer Kommunikation, um Netzwerke zwischen Organen oder Zelltypen aufzubauen. |
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392147
Seminar | | Textmining - Methoden für die Molekularbiologie
Zeit: vorläufig Mi, 14.15 - 15.45 Ort: D5-113
Vorbesprechung: Mi, 15.10.03, 14.15 in D5-113 | | Jacob Köhler
Alexander Rüegg
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| | | Das meiste Biomedizinische Wissen befindet sich nicht in Datenbanken und strukturierten Informationsquellen, sondern in Freitexten in Form von Fachveröffentlichungen, Büchern und Webseiten. Im Seminar werden grundlegende Textmining Techniken und Methoden vor dem Hintergrund der Wissensextraktion in der Molekularbiologie erarbeitet. Hierzu zählen relevante NLP Techniken (Natural Language Processing), mathematische Grundlagen und existierende Ressourcen wie z.B. Ontologien und Thesauri und annotierte Corpora.
Die Lehrveranstaltung unterscheidet sich insofern von anderen Seminaren, als dass anstelle von "Reihum Vorträgen", die Teilnehmer alle Themen gemeinsam erarbeiten. Wie das genau funktioniert, wird am Vorbesprechungstermin besprochen. |
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392131
Vorlesung | | Design, Auswertung und Analyse von Microarray Experimenten
Zeit: N.N. Ort: N.N | | |
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Microarrays sind eine neue Technologie mit der man unter anderem experimentell herausfinden kann, welche Gene in einem "kranken" Organismus im vergleich zu einem "gesunden" Organismus unterschiedlich exprimiert sind (hoch oder runter reguliert sind). Daher ist diese Technologie von großer angewandter Bedeutung.
Hierbei spielen Techniken der Informatik in verschiedenen Bereichen eine bedeutende Rolle: bei der Auswahl der genspezifischen 'probes', für die Bildauswertung, bei der standardisierten Speicherung der experimentellen Daten, bei der statistischen Analyse und bei der Interpretation der Ergebnisse im Kontext von anderen biologischen Datenbeständen. Die Vorlesung wendet sich gleichermaßen an NWI-, Bioinformatik und Biologie Studenten. Es wird einerseits eine allgemeine Einführung in die microarray Technologie gegeben, andererseits werden die verschiedenen relevanten Techniken der Bioinformatik dargestellt.
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392151
Projekt | | Parallel Programming
Zeit: N.N. Ort: N.N | | |
| | | In dem Projekt 'Parallel Programming´ geht es um die praktische Vermittlung von parallelen sowie verteilten Programmierkenntnissen mit MPI [Message Passing Interface]. In der ersten Hälfte der Projektphase
sollen durch Kurzvorträge und praxisnahe Übungen die Grundlagen für ein Programmierprojekt entstehen. Dieses Projekt soll dann in der zweitenPhase realisiert werden. Welche Ausrichtung dieses Projekt annimmt, kann in den ersten Wochen noch diskutiert werden. Mögliche Themen wären zum Beispiel Parallelisierung einer vorhandenen Anwendung oder die parallele Implementierung von Suchstrategien in Graphen. Voraussetzungen:
Als Voraussetzung für die Teilnahme an diesem Projekt sollte man im Hauptstudium einer Naturwissenschaft z.B NWI etc. sein und die Begriffe 'C++' und 'Linux' schon einmal gehört haben. Die Teilnehmerzahl ist auf 8 Personen beschränkt. Interessenten können sich per Email an mniemann@techfak.uni-bielefeld.de melden. Ansonsten wird der Termin für das erste Treffen unter www.techfak.uni-bielefeld.de/~mniemann bekannt gegeben. |
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