Vorlesung Modellierung und Simulation metabolischer Netzwerke

• Design molekularer Datenbanken
• Dynamische Modellierung von Pathways
• Datenvisualisierung

Übungen zur Vorlesung Modellierung und Simulation metabolischer Netzwerke (392117)

In der Übung Modellierung u. Simulation metabolischer Wirknetze werden  verschiedene Themen aus der Vorlesung vertieft behandelt und praktisch nachvollzogen. Schwerpunkte der Übung sind:

• Design molekularer Datenbanken
• Dynamische Modellierung von Pathways
• Datenvisualisierung

Es werden aktuelle Forschungsergebnisse in verschiedenen Vorträgen besprochen.

Vorbesprechung:

1. Termin 12.10.2004 10h c.t. Raum: D5-113

2. Termin 08.12.2004 10h c.t. Raum: D5-113

Block:

1. Termin 12.01.2005, 10:00h c.t. Raum: D5-113

2. Termin 26.01.2005, 10:00h c.t. Raum: D5-113

Ausgangspunkt ist die Definition paralleler Algorithmen. Grundlegende theoretische Modelle der parallelen Datenverarbeitung werden vorgestellt (z.B. Schaltkreise, P-RAM). Der Entwurf paralleler Algorithmen wird diskutiert. Grundkonzepte parallele Architekturen werden vorgestellt. Parallele Algorithmen auf der Grundlage des "message passing" Konzeptes werden in der Übung am verfügbaren Parallelrechner implementiert und getestet.

In dem Projekt werden Lösungen zu aktuellen Problematiken im Bereich der Programmierung von Message Passing Systemen erarbeitet. Im wesentlichen geht es um die Darstellung von Message Transfers in parallelen Systemen. Je nach Teilnehmerzahl können die genauen Aufgaben jedoch noch variieren.

Kernthemen des Projektes:

• Programmierung mit C++
• Anbindung der Graphic Library QT
• Message Passing Environment [MPE]
• Visualisierung von Transfer Logs

Gute C++ und Linux Kenntnisse sind erwünscht, jedoch keine absolute Bedingung.
Das initiale Treffen sollte in der ersten Semester Woche stattfinden. Genauere Angaben findet man unter:
www.techfak.uni-bielefeld.de/~mniemann/

Falls ihr Fragen habt schreibt einfach eine Mail an:  Mark Niemann

In diesem Seminar werden theoretisch und praktisch VR-Konzepte für den Anwedungsbereich der Systembiologie diskutiert. Dazu wird Literatur und Software zu den folgenden Themen behandelt:

• VR-Concepts in General
• VR in Bioinformatics: Genomics, Transcriptomics, Proteomics, Metabolomics
• Volume Rendering and Interactive Visualization of Biological and Medical Datasets
• Data Mining Capabilities for Drug Discovery
• Interactive Molecular Dynamics VR Software
• VR in Systemsbiology Education
• ...

Zur praktischen Illustration steht eine VR-Umgebung (Powerwall) zur Verfügung.
Interessenten tragen sich in die Teilnehmerliste ein (Raum D5-116).
Die Vorbesprechung findet am Montag 11.10.2004, 16.00 Uhr in D5-113 statt.

In diesem Seminar werden diverse Methoden zur Simulation biochemischer Reaktionen behandelt. Dazu wird Literatur zu den folgenden Bereichen diskutiert:

• Representation of Chemical Compounds/Structures and Chemical Reactions
• Calculation of Physical and Chemical Data:
  Empirical Approaches; Ordinary Differential Equations (ODE); Petri-Nets, Molecular Mechanics, Molecular Dynamics
• ...

Interessenten tragen sich in die entsprechende Teilnehmerliste ein (Raum D5-116). Die Vorbesprechung findet am Montag 11.10.2004, 14.00 Uhr in D5-113 statt.

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Seminar

Arbeitsgemeinschaft Bioinformatik
Zeit: n.V. ; Ort: D5-113

Ausgewählte Themen der Bioinformatik

Im Rahmen dieser Veranstaltung sollen zunächst grundlegende Konzepte von Datenbanken und Informationssystemen vorgestellt werden. Darauf aufbauend folgt die Präsentation der bedeutendsten molekularbiologischen und medizinischen Datenquellen. Außerdem werden Anforderungen und Ansätze der Datenintegration von biomedizinischen Daten untersucht.