Teaching in WiSe 2006/07
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| 392115 | Modellierung und Simulation metabolischer Netzwerke | Hofestädt | ||
| Vorlesung | Zeit: Mo, 14 - 16 Uhr; Raum: T2-233 | |||
| Die Vorlesung gibt einen Überblick über die existierenden Modellansätze zur Modellierung metabolischer Netzwerke. Insbesondere wird die regelbasierte Modellierung sowie die Modellierung mit Petrinetzen vorgestellt. Anschließend erfolgt eine Überblick über die verfügbaren Datenquellen im Internet sowie die verfügbaren Simulatoren. | ||||
| Informationen zur Vorlesung | ||||
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| 392116 | Übungen zu 39115 - Modellierung und Simulation metabolischer Netzwerke | Prins | ||
| Übung | Zeit: Mo. 12-14 Uhr ; Raum: D5-113 | |||
| In dieser Übung werden verschiedene Themen aus der Vorlesung vertieft behandelt und praktisch nachvollzogen. Schwerpunkte der Übung sind: Design molekularer Datenbanken, dynamische Modellierung von Pathways und Datenvisualisierung. | ||||
| Informationen zur Übung | ||||
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| 392039 | Datenbanken I | Töpel | ||
| Vorlesung | Zeit: Do, 14 - 16 Uhr; Raum: H6 | |||
| In der Vorlesung werden die folgenden Schwerpunkte abgehandelt: Datenbankentwicklung, Relationen, ER-Modellierung, relationale Datenbanken, Methoden der Datenbankintegration, Data Warehousing, föderierte Datenbanken und deduktive Datenbanken. | ||||
| Informationen zur Vorlesung | ||||
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| 392040 | Übungen zu 392039 - Datenbanken I | Prins | ||
| Übung | Zeit, Raum: Di. 14 - 16 Uhr in D2-152, Di. 16 - 18 Uhr in R2-155, Mi. 8-10 Uhr, 16 - 18 Uhr in C0-259 |
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| In der Übung werden die Inhalte der Vorlesung anhand von Übungsaufgaben vertieft. Themen: Relationen, Relationale Algebra, Konzeption einer Datenbank, ER-Modell, Relationale Datenbanken, Architekturen von Datenbanken, Anfragesprachen, Architekturen verfügbarer "Molekularer Datenbanken" Übungstermine an Allerheiligen: Übungsinhalte werden am folgenden Mittwoch, 8.11. nachgeholt! | ||||
| Informationen zur Übung | ||||
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| 392117 | Parallele Algorithmen | Hofestädt | ||
| Vorlesung | Zeit: Do, 14 - 16 Uhr; Raum: T2-220 | |||
| Ausgangspunkt ist die Definition paralleler Algorithmen. Grundlegende theoretische Modelle der parallelen Datenverarbeitung werden vorgestellt (z.B. Schaltkreise, P-RAM). Der Entwurf paralleler Algorithmen wird diskutiert. Grundkonzepte parallele Architekturen werden vorgestellt. | ||||
| Informationen zur Vorlesung | ||||
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| 392118 | Übungen zu 392117 - Parallele Algorithmen | Niemann | ||
| Übung | Zeit: NN; Raum: NN | |||
| Parallele Algorithmen auf der Grundlage des "message passing" Konzeptes werden in der Übung am verfügbaren Parallelrechner implementiert und getestet. | ||||
| Informationen zur Übung | ||||
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| 392119 | Modellierung metabolischer Netzwerke | Hofestädt | ||
| Seminar | Zeit: NN, Raum: D5-113 | |||
| Im Seminar wird grundlegende und weiterführende Literatur zum Thema "Metabolische Netzwerke" behandelt. Zu den entsprechenden Themen werden durch die Teilnehmer Vorträge gehalten. | ||||
| Weitere Informationen | ||||
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| 392120 | Integration und Analyse biochemischer Netzwerke | Töpel, Hariharaputran | ||
| Projekt | Zeit: Mi, 16 - 18 Uhr; Raum: D5-113 | |||
| Im Rahmen dieser Veranstaltung soll ein Werkzeug weiterentwickelt werden, das Signaling Pathways auf der Basis der Struktur der beteiligten Proteine vergleicht. Dazu sind relevante Informationen aus molekularbiologischen Datenquellen zu integrieren und geeignete Algorithmen für die Analyse zu implementieren. Auf dieser Basis wird eine webbasierte GUI entwickelt, die den Zugriff auf die Anwendungslogik ermöglicht und so z.B. die Analyseresultate visualisiert.
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| Informationen zum Projekt | ||||
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| 392121 | Message Passing Programming | Niemann | ||
| Projekt | Zeit: NN; Raum: D5-113 | |||
| Weitere Informationen | ||||
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| 392122 | Seminar Bioinformatik | Hofestädt, Kormeier | ||
| Seminar | Zeit: NN, Raum: D5-113 | |||
| Weitere Informationen | ||||
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| 392139 Projekt |
CELLmicrocosmos 2.1 Zeit: NN; Raum: C5-151 |
Hofestädt, Sommer | ||
| Im Vorgängerprojekt Cm2 wurde eine erste Version eines Zellmembraneditors entwickelt. Dieser wurde in JAVA realisiert und erzeugt einen Membranausschnitt in Form einer PDB-Datei, die u.a. kompatibel zu dem 3D-Visualisierungstool amira und somit interaktiv explorierbar ist. Die Konfiguration der Membran wird darüberhinaus in einer XML-Datei gespeichert. Der MembranEditor weist allerdings noch einen erheblichen Weiterentwicklungsbedarf auf; nicht zuletzt in Bezug auf die Realitätsnähe. Ziel dieses Projektes ist die systematische Verbesserung dieser Nachteile. Hierzu werden zunächst unterschiedliche Referate zum Thema Membranvisualisierung gehalten werden. Daraufhin wird eine Vorstellung und Analyse des bisherigen Membraneditors erfolgen, gefolgt von der Aufteilung in Programmierteams von je mindestens zwei Leuten, welche sich dann mit ihrem Teilgebiet beschäftigen werden. Voraussetzung sind grundsätzliche Programmierkenntnisse. Da eine Grundlage bereits existiert, sollte eine Einarbeitung nicht zu schwer fallen. (Molekular-) Biologisches Wissen ist nicht Voraussetzung, aber die Bereitschaft, sich selbstständig in diese Thematik einzuarbeiten, schon. | ||||
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| 392188 Seminar |
Arbeitsgemeinschaft Bioinformatik Zeit: Do, 11 Uhr ; Raum: D5-113 |
Hofestädt | ||
| Ausgewählte Themen der Bioinformatik | ||||
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