Medizinische Bioinformatik
und Systembiologie




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Teaching in WiSe 2014/15


392145   Modellierung und Simulation metabolischer Netzwerke    
Vorlesung   Zeit: Mo, 14 - 16 Uhr; Raum: D5-113   Sommer
Übung   Zeit: n.V.; Raum: D5-113   Brinkrolf
    Die Vorlesung gibt einen Überblick über die existierenden Modellansätze zur Modellierung metabolischer Netzwerke. Insbesondere wird die regelbasierte Modellierung sowie die Modellierung mit Petri-Netzen vorgestellt. Anschließend erfolgt ein Überblick über die verfügbaren Datenquellen im Internet sowie die verfügbaren Simulatoren.

In dieser Übung werden verschiedene Themen aus der Vorlesung vertieft behandelt und praktisch nachvollzogen. Schwerpunkte der Übung sind: Design molekularer Datenbanken, dynamische Modellierung von Pathways und Datenvisualisierung.

   
392144 Parallele Algorithmen und Datenverarbeitung    
Vorlesung   Zeit: Do, 14 - 16 Uhr; Raum: T2-234   Kormeier
Übung   Zeit: Di 10-12; Do 10-12, Raum: D5-113   Lewinski
    Ausgangspunkt ist die Definition paralleler Algorithmen. Grundlegende theoretische Modelle der parallelen Datenverarbeitung werden vorgestellt (z.B. Schaltkreise, P-RAM). Der Entwurf paralleler Algorithmen wird diskutiert. Grundkonzepte parallele Architekturen werden vorgestellt.

Parallele Algorithmen auf der Grundlage des "message passing" Konzeptes werden in der Übung am verfügbaren Parallelrechner implementiert und getestet.

   
392148   Einführung und Anwendung der Petri-Netze   Kormeier
Seminar   Zeit: Di., 11 s.t.; Raum: D5-113  
   

Im Seminar wird grundlegende und weiterführende Literatur zum Thema "Petri-Netze" behandelt. Zu den entsprechenden Themen werden durch die Teilnehmer Vorträge gehalten.

Vorbesprechung: Di, 07.10.2014, 11.00 s.t., Raum: D5-113

   
392171   Projekt: Message Passing Programming   Lewinski
Projekt   Zeit: n.V.; Raum: D5-113  
   

Vorbesprechung: n.V.

   
392250   Analyse und Visualisierung biologischer Netzwerke   Kormeier
Projekt   Zeit: Do, 16-18 Uhr; Raum: D5-113  
    Vorbesprechung: Do, 09.10.2014 16 Uhr s.t.; Raum D5-113

   
392251   Entwicklung eines web-basierten Informationssystems für molekularbiologische Daten   Kormeier
Projekt   Zeit: Mi 16-18; Raum: D5-113  
    Vorbesprechung: Mi, 08.10.2014 16 Uhr s.t.; Raum D5-113

   
392155   Konzeption und Implementierung biomedizinischer Informationssysteme   Shoshi, Ogultarhan
ProjektSeminar   Zeit: n.V.; Raum: D5-113  
   

Vorbesprechung: Di, 07.10.2014, 14.00 Uhr s.t.; Raum D5-113

   
392179   CELLmicrocosmos Cell Visualization   Sommer
Projekt   Zeit: n.V.; Raum: C5-151  
   

In den letzten Semestern wurden mehrere 3D-stereoskopische Szenarien mit Blender entworfen, die den Blick aus einem Fenster in die Natur m�glichst realistisch nachbilden sollen. Diese werden nun als Ausgangspunkt f�r eine Reise vom �Real Life� zur molekularen Ebene benutzt werden, bei denen neben Blender auch CELLmicrocosmos-Tools zum Einsatz kommen werden.

Vorbesprechung: Mi, 08.10.2014, 14.00 c.t., Raum: C5-151

    Weitere Informationen
392116   Stereoscopic 3D Visualization   Sommer
Seminar   Zeit: Mi., 10 c.t.; Raum: C5-151  
   

Wie können z.B. 3D-Modellierungstools wie Blender optimal genutzt werden, um stereoskopische Perspektiven darzustellen? Es sollen sowohl relevante Publikationen vorgestellt, relevante Filmausschnitte besprochen, als auch mit Blender ein wenig experimentiert werden. In den ersten Sitzungen wird es eine Einführung in die Thematik der SV geben.

Vorbesprechung: Mi, 08.10.2014, 10.00 c.t., Raum: C5-151

    Weitere Informationen