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 Dunkelfeldaufnahme einer humanen Zelllinie (100x Vergrößerung). Die jeweils bestimmten Zellzustände sind durch verschiedene Farben markiert worden. |
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Sebastian Burgemeister, Dipl.-Inform.
Tel +49 (0)5 21 - 106-5286 (Büro)
Fax +49 (0)5 21 - 106-6475 (Sekretariat)
Email: seb@fermtech.techfak.uni-bielefeld.de
Wissenschaftlicher Werdegang:
| seit 04/2007 | Doktorand am Lehrstuhl für Fermentationstechnik (Prof. E. Flaschel) und bei der AG Biodatamining (Dr. T. W. Nattkemper) an der Technische Fakultät, Universität Bielefeld |
01/2006 - 10/2006 | Diplomarbeit:"2DBase - Eine 2D-Gelelektrophorese-Datenbank für Escherichia Coli K12-Gele." am Lehrstuhl für Fermentationstechnik, Technische Fakultät, Universität Bielefeld |
10/2000 - 12/2005 | Studium der Naturwissenschaftlichen Informatik, Schwerpunkt Bioinformatik/Biotechnologie an der technischen Fakultät, Universität Bielefeld |
Forschungsgebiet:
Die on-line Überwachung von Zellviabilität und Zelldichte ist ein essentielle und gleichzeitig herrausforderdernde Aufgabe um biotechnologische Prozesse zu kontrollieren und zu optimieren. Im Rahmen meiner Forschungen soll daher ein System zur Zelldetektion und Viabilitätsklassifiaktion entwickelt werden. Dieses soll in der Lage sein, (semi-)automatisch mikroskopische Dunkelfeldaufnahmen mit Hilfe verschiedener Methoden der Bilderverarbeitung und des maschinellen Lernens, jedoch ohne den Einsatz von Farbstoffen oder Fluoreszensmarkierung, auszuwerten. Hierbei gilt es sich zwei Herausforderungen zu stellen: Zunächst, die Etablierung und Anpassung der Zelldetektion für die spezifischen Charakteristika tierischer Zellkulturen (wie z.B. schwankende Zellgrößen & Agglomeratbildung). Und des Weiteren, die Entwicklung eines Multi-Klassen-Viabilitätsklassifikationssystems, welche den komplexen Todesmechanismen tierischer Zellen gerecht wird und sowohl apoptotische, nekrotische als auch viable Zellzustände zu erkennen vermag.
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