Parallele Algorithmen und Rechnerarchitekturen in der Bioinformatik

Veranstalter: Dr. Georg Sauthoff (mail: gsauthof@techfak.uni-bielefeld.de)
Veranstalter (ab 2012-06-13): Stefan Janssen (mail: sjanssen@techfak.uni-bielefeld.de)
Termin: V6-138, Mittwochs, 14h-16h
Semester: SS 2012
Veranstaltungsart: Seminar
Ekvv: SS2012_392213 bzw. 29576009

Termine

Date	Speaker	Title
2012-07-11
2012-07-04	Lucas Wagner	UNIX multi-process/threading mechanisms
2012-06-27	Martin Zurowietz	Striped Smith-Waterman
2012-06-20	Benedikt Osterholz	Transactional Memory
2012-06-13	~~Lucas Wagner~~	~~UNIX multi-process/threading mechanisms~~ (fällt aus)
2012-06-06	Malte Mattheis	Multithreaded Algorithms
2012-05-30	Cem Memili	RCU
2012-05-23	~~Martin Zurowietz~~	~~Striped Smith-Waterman~~ (fällt aus)
2012-05-16	Julia Gierens	Distributed columnsort
2012-05-09	Swenja Stelljes	Map and Reduce
2012-05-02
2012-04-25
2012-04-18		Meta: Oral Presentation; Präsentation mit LaTeX Beamer, Wissenschaftliche Dokumente mit LaTeX LaTeX-Beispieldokumente: Präsentation Ausarbeitung
2012-04-11	Georg Sauthoff	Einführung
2012-04-04		Verteilung der Themen

Literatur

Eine kleine Zusammenstellung von Literatur zu den verschiedenen Seminarthemen bzw. Themenbereichen. Ein Abschnitt kann jeweils Einstieg in ein Thema und als Beginn einer eigenen sorgfältigen Literaturrecherche verstanden werden.

MPI

Peter S. Pacheco. Parallel programming with MPI. Kaufmann, 2007. ISBN 9781558603394
William Gropp and Ewing Lusk and Anthony Skjellum. Using MPI. Portable parallel programming with the message passing interface. MIT Press, 1999. ISBN 9780262571326
William Gropp and Ewing Lusk and Rajeev Thakur. Using MPI-2. Advanced features of the message-passing interface. MIT Press, 1999. ISBN 02620571331

OpenCL

Perhaad Mistry and Dana Schaa. Heterogeneous Computing with OpenCL. Morgan Kaufman, 2011. ISBN 9780123877666
Aaftab Munshi. OpenCL programming guide. Addison-Wesley, 2012. ISBN 9780321749642

OpenMP

Barbara Chapman and Gabriele Jost and Ruud van der Pas. Using OpenMP. Portable shared memory parallel programming. MIT Press, 2008. ISBN 9780262533027
Simon Hoffmann and Rainer Lienhart. OpenMP. Eine Einführung in die parallele Programmierung mit C/C++. Springer, 2008. ISBN 9783540731238

UNIX

W. Richard Stevens and Stephen A. Rago. Advanced programming in the UNIX environment. Addison-Wesly, 2nd, 2005. ISBN 9780201433074 (8. Process Control, 11. Threads, 12. Thread Control, 15. Interprocess Communication)

Algorithmen

Geeta Chaudhry and Thomas H. Cormen. Slabpose Columnsort: A New Oblivious Algorithm for Out-of-Core Sorting on Distributed-Memory Clusters. Algorithmica 45(3), 2006.
Cormen et al. Introduction to algorithms. MIT Press, 1st, 1990. (Algorithms for Parallel Computers)
Cormen et al. Introduction to algorithms. MIT Press, 3rd, 2009. (Multithreaded Algorithms, Basics, Matrix Mult, Merge Sort)

Algorithmen aus der Bioinformatik

Michael Farrar. Striped Smith–Waterman speeds database searches six times over other SIMD implementations. Bioinformatics, 23(2), 2007.

Map and Reduce

Jeffrey Dean and Sanjay Ghemawat. MapReduce: Simplified Data Processing on Large Clusters. Sixth Symposium on Operating System Design and Implementation (OSDI), 2004.
Tom White. Hadoop. (MapReduce for the cloud) O'Reilly, 2009. ISBN 9780596521974
Zahlreiche Referenzen und Links: WP: MapReduce

Read Copy Update (RCU)

Thomas E. Hart and Paul E. McKenney and Angela Demke Brown and Jonathan Walpole. Performance of memory reclamation for lockless synchronization. Journal of Parallel and Distributed Computing, 67(12), 2007. DOI 10.1016/j.jpdc.2007.04.010
Thomas E. Hart and Paul E. McKenney and Angela Demke Brown. Making Lockless Synchronization Fast: Performance Implications of Memory Reclamation. 20th IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium, 2006.

Transactional Memory

Calin Cascal et al. Software transactional memory: Why is it only a research toy? Communications of the ACM, 51(11), 2008.
Ulrich Drepper. Parallel programming with transactional memory. Communications of the ACM, 52(2), 2009.
James R. Goodman. Using cache memory to reduce processor-memory traffic. Proceedings of the 12th International Symposium on Computer Architecture, 1983.
Tim Harris and Simon Marlow and Simon Peyton Hones and Maurice Herlihy. Composable memory transactions. PPoPP, 2005.
Maurice Herligy and J. Eliot B. Moss. Maurice Herlihy and J. Eliot B. Moss. Transactional memory: Architectural support for lock-free data structures. Proceedings of the 20th International Symposium on Computer Architecture (ISCA), 1993.
James Larus and Christos Kozyrakis. Transactional memory. Communications of the ACM, 51(7), 2008.

$Date: 2012/07/09 10:01:06 $

Ausarbeitung

Die Ausarbeitung zum Vortrag ist eine benotete Leistung und sollte 6-8 Seiten umfassen. Sie kann spätestens bis zum Ende der Vorlesungszeit (13.7.2012) abgegeben werden. Via eMail bei Stefan Janssen (sjanssen@techfak.uni-bielefeld.de) oder in Papierform in M3-114.