Für die Informatik ist die Kooperation mit der Molekularbiologie eine Herausforderung von bemerkenswerter Bandbreite. Viele klassische Disziplinen der Informatik werden mit neuen Problemen konfrontiert, deren Lösung auf dem gegebenen Stand der Technik oft noch gar nicht möglich ist.
Effiziente Algorithmen werden benötigt zum Vergleich von Sequenzen und Strukturen, wie auch zur Strukturberechnung. Immer komplexere Muster werden eingesetzt, die Sequenz-, Struktur- und sonstige Merkmale verknüpfen. Musterbeschreibungssprachen für Suchwerkzeuge sind Beispiele deklarativer Programmiersprachen, während bei der Sequenzannotation die logische Programmierung effektiver eingesetzt werden kann. Sucht man nach Mustern, deren Beschreibung man (noch) nicht kennt, kommen künstliche neuronale Netze zum Einsatz. Datenbanken sind allgegenwärtig, wobei das Problem föderierter Datenbanken, die getrennt entwickelt werden aber trotzdem kooperativ nutzbar sind, noch lange nicht gelöst sein wird. Bildverarbeitung wird heute schon umfassend eingesetzt, um experimentelle Daten zu erfassen. Rechnernetze sind der eigentliche Lebensraum der Bioinformatik, weil alle wichtigen Datenbanken und Werkzeuge auf Bioinformatik-Servern im Internet zur Verfügung stehen. (Bielefelder Bioinformatik-Server) Die Technische Informatik kommt ins Spiel, wenn Prozesse der Zellkultur und Fermentation zu überwachen und zu steuern sind. Last not least ist die Visualisierung eine wesentliche Teilaufgabe in allen Anwendungsgebieten. Dies zeigt schon ein Blick auf das Bildmaterial in diesem Aufsatz: Alle Bilder sind vom Computer erzeugte Graphiken - nur der gute alte Hefezopf sorgt noch selbst für sein Erscheinungsbild.