molekularer Schalter. Als solche bezeichnet
man Moleküle, die zwei verschiedene Strukturen
ausbilden, die jeweils eine andere Funktion haben. Sogenannte
Attenuatoren z.B. sind RNA-Abschnitte vor einem Gen, die seine
Expression an - oder abschalten können. Schaltende Strukturen sind schwer zu
bestimmen, unter anderem deshalb, weil die Methoden zur Strukturaufklärung
widersprüchliche Ergebnisse liefern können.
Das Werkzeug paRNAss versucht dem Experimentator Hinweise auf das mögliche Vorliegen eines strukturellen Schalters zu geben. Es beruht auf der Überlegung, daß der Strukturraum eines schaltenden Moleküls besondere Merkmale haben muß: Zwei (aber nicht mehr) wesentlich verschiedene Strukturen, die nahe am Energieminimum liegen, aber durch eine gewisse Energiebarriere getrennt sind. Um diese Eigenschaft zu prüfen, wird eine große Anzahl alternativer Strukturen berechnet und nach unterschiedlichen Distanzmaßen verglichen. Spricht das Ergebnis für einen möglichen Schalter, so werden zwei Strukturen (als wahrscheinliche Schalterstellungen) vorgeschlagen. Diese müssen dann experimentell überprüft werden, denn ob ein schaltfähiges Molekül tatsächlich in der Zelle eine Schalterfunktion wahrnimmt - diese Frage bleibt weiterhin der Biologie allein überlassen.