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Forschungsberichte der Technischen Fakultät

2008 2007 2006 2005 2004 2003 2002 2001 2000 1999 1998 1997 1996 1995 1994 vor 1994 MOSYS

Anleitung zum Erstellen eines Forschungsberichts.

On Parsimony Haplotyping Ferdinando Cicalese, Martin Milanic 2008-04 PDF
Computing with Priced Information: game trees and the value dependent cost model. Ferdinando Cicalese, Martin Milanic 2008-03 PDF
A Space Efficient Representation for Sparse de Bruijn Subgraphs José Augusto Amgarten Quitzau, Jens Stoye 2008-02 PDF
Online Abelian Pattern Matching Tahir Ejaz, Sven Rahmann, Jens Stoye 2008-01 PDF

2-Stage Fault Tolerant Interval Group Testing Ferdinando Cicalese, José Augusto Amgarten Quitzau 2007-02 PDF
Identifying metabolites with integer decomposition techniques, using only their mass spectrometric isotope patterns Sebastian Böcker, Matthias C. Letzel, Zsuzsanna Lipták, Anton Pervukhin 2007-01 PDF

On Common Intervals with Errors Cedric Chauve, Yoan Diekmann, Steffen Heber, Julia Mixtacki, Sven Rahmann, Jens Stoye 2006-02 PDF
Decomposing metabolomic isotope patterns Sebastian Böcker, Zsuzsanna Lipták, Anton Pervukhin 2006-01  

Statistics of Cleavage Fragments in Random Weighted Strings Hans-Michael Kaltenbach, Henner Sudek, Sebastian Böcker, Sven Rahmann 2005-06 PDF
Alignment of Tandem Repeats with Excision, Duplication, Substitution and Indels (EDSI) Michael Sammeth, Jens Stoye 2005-05 PDF
Counting Suffix Arrays and Strings Klaus-Bernd Schürmann, Jens Stoye 2005-04 PDF
Searching for the Shortest Common Supersequence Sergio A. de Carvalho Jr., Sven Rahmann 2005-03  
Two batch Fault-tolerant search with error cost constraints: An application to learning Ferdinando Cicalese 2005-02  
Overlaps Help: Improved Bounds for Group Testing with Interval Queries Ferdinando Cicalese, Peter Damaschke, Libertad Tansini, Sören Werth 2005-01  

Compressed Representation of Sequences and Full-Text Indexes Paolo Ferragina, Giovanni Manzini, Veli Mäkinen, Gonzalo Navarro 2004-05  
Optimal Group Testing Strategies with Interval Queries and Their Application to Splice Site Detection Ferdinando Cicalese, Peter Damaschke, Ugo Vaccaro 2004-04  
Accelerating the Evaluation of Profile HMMs by Pruning Techniques Thomas Plötz, Gernot A. Fink 2004-03  
The Money Changing Problem revisited: Computing the Frobenius number in time O(k a1) Sebastian Böcker, Zsuzsanna Lipták 2004-02 PDF
Sequencing From Compomers is NP-hard Sebastian Böcker 2004-01  

Genalyzer: An Interactive Visualisation Tool for Large-Scale Sequence Matching -- Biological Applications and User Manual Jomuna V. Choudhuri, Chris Schleiermacher 2003-08  
Sequencing from compomers in the presence of false negative peaks Sebastian Böcker 2003-07  
Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main Memory Klaus-Bernd Schürmann, Jens Stoye 2003-06 PDF
Systematic Investigation of Jumping Alignments Constantin Bannert 2003-05  
Sequencing from compomers: Using mass spectrometry for DNA de-novo sequencing of 200+ nt Sebastian Böcker 2003-04  
From RNA Folding to Thermodynamic Matching, including Pseudoknots Robert Giegerich, Jens Reeder 2003-03  
SNP and mutation discovery using base-specific cleavage and MALDI-TOF mass spectrometry Sebastian Böcker 2003-02  
On the Similarity of Sets of Permutations and its Applications to Genome Comparison Anne Bergeron, Jens Stoye 2003-01  

Branching of Fuzzy Quantifiers and Multiple Variable Binding: An Extension of DFS Theory Ingo Glöckner 2002-08  
Fundamentals of Fuzzy Quantification: Plausible Models, Constructive Principles, and Efficient Implementation Ingo Glöckner 2002-07  
Calculating Residue Flexibility Information from Statistics and Energy based Prediction Frank Zöllner, Steffen Neumann, Kerstin Koch, Franz Kummert, Gerhard Sagerer 2002-06  
ElMaR: A Protein Docking System using Flexibility Information Frank Zöllner, Steffen Neumann, Kerstin Koch, Franz Kummert, Gerhard Sagerer 2002-05  
Side chain flexibility for 1:n protein-protein docking Kerstin Koch, Steffen Neumann, Frank Zöllner, Gerhard Sagerer 2002-04  
Lecture Notes on Algebraic Dynamic Programming 2002 Robert Giegerich 2002-03  
Simulation von Phasen hasenübergängen in Proteinmonoschichten Johanna Alichniewicz, Gabriele Holzschneider, Morris Michael, Ulf Schiller, Jan Stallkamp 2002-02  
Persistent Objects with O2DBI Jörn Clausen 2002-01  

Hierarchical Termination Revisited Enno Ohlebusch 2001-05  
Eine asynchrone Implementierung eines Microprozessors auf einem FPGA Marco Balke, Thomas Dettbarn, Robert Homann, Sebastian Jaenicke, Tim Köhler, Henning Mersch, Holger Weiss 2001-04  
A Rotamer Library for Protein-Protein Docking Using Energy Calculations and Statistics Kerstin Koch, Frank Zöllner, Gerhard Sagerer 2001-03  
Causal System Analysis Peter B. Ladkin 2001-02  
Standard Models of Fuzzy Quantification Ingo Glöckner 2001-01  

Difficulties when Aligning Structure Based RNAs with the Standard Edit Distance Method Christian Büschking 2000-08  
Systematic Dynamic Programming in Bioinformatics (ISMB 2000 Tutorial Notes) Dirk J. Evers, Robert Giegerich 2000-07 PDF
The Syntax and Semantics of a Language for Describing Complex Patterns in Biological Sequences Dirk Strothmann, Stefan Kurtz, Stefan Gräf, Gerhard Steger 2000-06  
Computergestützte Auswertung von Spektren organischer Verbindungen Annika Büscher, Michaela Hohenner, Sascha Wendt, Markus Wiesecke, Frank Zöllner, Arne Wegener, Frank Bettenworth, Thorsten Twellmann, Jan Kleinlützum, Mathias Katzer, Sven Wachsmuth, Gerhard Sagerer 2000-05  
Affix Trees Jens Stoye 2000-04 PDF
An Axiomatic Theory of Fuzzy Quantifiers in Natural Languages Ingo Glöckner 2000-03  
A Broad Class of DFS Models Ingo Glöckner 2000-02  
Advances in DFS Theory Ingo Glöckner 2000-01  

Autonomie für situierte Robotersysteme -- Stand und Entwicklungslinien Alois Knoll 99-06  
A Systematic Approach to Dynamic Programming in Bioinformatics. Part 1 and 2: Sequence Comparison and RNA Folding Robert Giegerich 99-05 PDF
Towards Evaluation of Docking Hypotheses using elastic Matching Steffen Neumann, Stefan Posch, Gerhard Sagerer 99-04  
A Framework for Evaluating Approaches to Fuzzy Quantification Ingo Glöckner 99-03  
Transforming Conditional Rewrite Systems with Extra Variables into Unconditional Systems Enno Ohlebusch 99-02  
Entscheidungskalküle Axel Saalbach, Christian Lange, Sascha Wendt, Mathias Katzer, Guillaume Dubois, Michael Höhl, Oliver Kuhn, Sven Wachsmuth, Gerhard Sagerer 99-01  

Reducing the Space Requirement of Suffix Trees Stefan Kurtz 98-03  
A Declarative Approach to the Development of Dynamic Programming Algorithms, Applied to RNA Folding Robert Giegerich 98-02 PDF
Kognitive Aspekte bei der Realisierung eines robusten Robotersystems für Konstruktionsaufgaben Alois Knoll, Bernd Hildebrandt 98-01  

DFS -- An Axiomatic Approach to Fuzzy Quantification Ingo Glöckner 97-06  
Fuzzy Quantifiers for Processing Natural Language Queries in Content-Based Multimedia Retrieval Systems Ingo Glöckner, Alois Knoll 97-05  
Rose: Generating Sequence Families Jens Stoye, Dirk Evers, Folker Meyer 97-04 PDF
A System for the Content-Based Retrieval of Textual and Non-Textual Documents Based on Natural Language Queries Alois Knoll, Ingo Glöckner, Hermann Helbig, Sven Hartrumpf 97-03  
Divide-and-Conquer Multiple Sequence Alignment Jens Stoye 97-02 PDF
Analysing the Cali Accident With a WB-Graph Peter Ladkin 97-01  

News and Comment on the AeroPeru B757 Accident Peter Ladkin 96-16  
A Note on a Note on a Lemma of Ladkin Peter Ladkin 96-15  
Some Dubious Theses in the Tense Logic of Accidents Peter Ladkin 96-14  
Explaining Failure with Tense Logic Peter Ladkin 96-13  
Formalism Helps in Describing Accidents Peter Ladkin 96-12  
On Needing Models Peter Ladkin 96-11  
Comments on Confusing Conversation at Cali Dafydd Gibbon, Peter Ladkin 96-10  
Reasons and Causes Peter Ladkin 96-09  
The X-31 and A320 Warsaw Crashes: Whodunnit? Peter Ladkin 96-08  
Formal but Lively Buffers in TLA+ Peter Ladkin 96-07  
Lazy Cache Implements Complete Cache Peter Ladkin 96-06  
Future University Computing Resources Peter Ladkin 96-05  
An Algebraic Approach to General Boolean Constraint Problems Hans-Werner Güsgen, Peter Ladkin 96-04  
Correctness in System Engineering Peter Ladkin 96-03  
Instructing Cooperating Assembly Robots through Situated Dialogues in Natural Language Alois Knoll, Bernd Hildebrand, Jianwei Zhang 96-02  
Static and Dynamic Filtering Methods for Approximate String Matching Robert Giegerich, Frank Hischke, Stefan Kurtz, Enno Ohlebusch 96-01 PDF

On the Equivalence Problem for E-Pattern Languages Enno Ohlebusch, Esko Ukkonen 95-04 PDF
Fundamental Algorithms for a Declarative Pattern Matching System Stefan Kurtz 95-03 PDF
Computer Based Training-Software: ein interaktiver Sequenzierkurs Frank Meier, Garrit Skrock, Robert Giegerich 95-02  
PaNaMa User Manual V1.3 Bernd Bütow, Stephan Thesing 95-01  

Reverse Restructuring: Another Method of Solving Algebraic Equations Bernd Bütow, Stephan Thesing 94-07 PDF
A Basic Semantics for Computer Arithmetic Markus Freericks, A. Fauth, Alois Knoll 94-06  
Searching Correspondences in Colour Stereo Images -- Recent Results Using the Fuzzy Integral André Wolfram, Alois Knoll 94-05  
Die Verwendung unscharfer Maße zur Korrespondenzanalyse in Stereo Farbbildern André Wolfram, Alois Knoll 94-04  
From Ukkonen to McCreight and Weiner: A Unifying View of Linear-Time Suffix Tree Construction Robert Giegerich, Stefan Kurtz 94-03 PDF
Analysis and Applications of the Direct Cascade Architecture Enno Littmann, Helge Ritter 94-02  
Modular Properties of Composable Term Rewriting Systems Enno Ohlebusch 94-01


vor 1994      
A Comparison of IMperative and Purely Functional Suffix Tree Constructions Robert Giegerich, Stefan Kurtz 14


On the Modularity of Termination of Term Rewriting Systems Enno Ohlebusch 11


Embedding Sequence Analysis in the Functional Programming Paradigm - A Feasibility Study Robert Giegerich 8


A Note on Simple Termination of Infinite Term Rewriting Systems Enno Ohlebusch 7


Combinations of Simplifying Conditional Term Rewriting Systems Enno Ohlebusch 6 PDF
Narrowing and Basic Forward Closures Stefan Kurtz 5 PDF

MOSYS Reports      
Knowledge-Level Modularization of a Complex Knowledge Base Josef Meyer-Fujara, Barbara Heller, Sonja Schlegelmilch, Ipke Wachsmuth 16 PDF
Structuring and Modules for Knowledge Bases: Motivation for a new model Grigoris Antoniou, Ipke Wachsmuth 14 PDF
Evaluation hybrider Expertensystemtools Sonja Schlegelmilch, Barbara Heller, Thomas Linke, Josef Meyer-Fujara 13 PDF
Modularization of Knowledge: A Competence-Oriented Approach Barbara Heller, Sonja Schlegelmilch 12 PDF
Assoziative Zuordnung und Suche von Wissen in einer thematisch strukturierten Wissensbasis Barbara Gängler, Marianne Greten, Thomas Linke, Ipke Wachsmuth 11 PDF
HYPERCON: Modulare Wissensbasen für Hypertonie-Konsultation Ipke Wachsmuth, Barbara Heller, Josef Meyer-Fujara 10 PDF
Wissensrepräsentation und kognitive Modelle Ipke Wachsmuth 8 PDF
Description of Obstacles in Planning Josef Meyer-Fujara 7 PDF
Knowledge Packets and Knowledge Packet Structures Ipke Wachsmuth, Barbara Gängler 6 PDF
An Introduction to Dynamic Concept Systems Herbert Jaeger 5 PDF
Addressing the Retrieval Problem in Large Knowledge Bases Ipke Wachsmuth, Josef Meyer-Fujara 3 PDF
Modellierung von Wissenspaketstrukturen mit Hilfe eines Reason-Maintenance-Systems Josef Meyer-Fujara 2 PDF
Modularisierung wissensbasierter Systeme Ipke Wachsmuth 1 PDF


Forschungsberichte der Technischen Fakultät - Eine Anleitung

Aktuell ist Wolfgang Gerlach (wgerlach@cebitec.uni-bielefeld.de) für die Forschungsberichte zuständig.


Die Technische Fakultät gibt seit vielen Jahren Technical Reports heraus. Traditionell werden solche Reports in der Informatik mit dem Schriftsatzprogramm LaTeX erstellt, aber auch andere Software wie Word, Star-/Openoffice u.ä. kommt zum Einsatz. Einerseits sollen alle Reports ein halbwegs einheitliches Layout haben, andererseits sollen die Autoren in der Wahl ihres Textprogramms nicht eingeschränkt werden.

Jeder Report wird durch eine eindeutige ID gekennzeichnet. Um die doppelte Vergabe von IDs zu verhindern, werden sie von einem TR Betreuer vergeben. Dieser pflegt eine Liste aller bisher erschienen Reports. Wenn ein Autor einen Report veröffentlichen möchte, kontaktiert er den TR Betreuer. Dieser teilt dem Autor die zugewiesene Report-ID mit. Außerdem fertig der Betreuer ein Titelblatt und einen Anhang an. Diese beiden Dokumente übergibt er dem Autor, der seinen Report damit vervollständigt.

Aufbau und Inhalt eines Reports

Zum einheitlichen Layout der Reports gehört ein Titelblatt, auf dem Logo und Siegel der Universität Bielefeld erscheinen. Auf der Rückseite des Titels befindet sich das Impressum, in dem die Professoren der Technischen Fakultät, Abteilung Informationstechnik, als Herausgeber genannt werden. Abgeschlossen wird ein Report durch eine Liste der bisher veröffentlichten Reports.

Das Impressum muss nach personellen Veränderungen angepaßt werden, die Liste der bisher erschienen Reports muß nach jeder Veröffentlichung auf den aktuellen Stand gebracht werden. Aus diesem Grund ist eine zentrale, elektronische Erfassung der Reports unerläßlich. Im weiteren Verlauf wird das derzeitige Verfahren erläutert, mit dem der TR Betreuer diese Aufgaben erfüllt. Zu seiner Unterstützung ist das Projekt techrprt eingerichtet worden. Es besteht aus dem Volume /vol/techrprt und der Unix-Gruppe techrprt


Erstellung von Titelseite und Anhang

Das Titelblatt und der Anhang mit der Liste aller bisher erschienen Reports wird durch LaTeX erzeugt. Dazu wird mit Hilfe von XSLT und dem XSLT-Skript tr2tex.xsl der gewünschte Eintrag aus der XML-Datei für den Titel extrahiert, und die Liste aller bis zu diesem Eintrag erschienen Reports in eine LaTeX-Liste umgewandelt. Das Layout und der statische Inhalt des Titelblattes sind in dem style file techrprt.sty definiert. Diese Stil-Datei muß z.B. dann angepaßt werden, wenn sich die Liste der Herausgeben ändert.

Durch den Aufruf

make 2002-01.ps

werden die oben beschriebenen Schritte ausgeführt und das Titelblatt und der Anhang für Report 2002-01 erzeugt. Die Datei 2002-01.ps wird anschließend noch in die beiden Dateien 2002-01.ps-front und 2002-01.ps-back aufgeteilt, die dem Autor übergeben werden. Die weiteren Schritte des Autors sind an einer anderen Stelle ausführlich erklärt.

Hilfsdateien, die im obigen Schritt entstehen, können durch das make-target unclutter entfernt werden. Die erzeugten PostScript-Dateien können mit Hilfe des targets clean gelöscht werden.

Da die Titelseite automatisch erzeugt wird, kann man zunächst keinen Einfluß auf ihr endgültiges Aussehen nehmen (was ja durchaus Sinn der Sache ist). Zumindest zwei Konzessionen wurden aber gemacht, um bei Bedarf eine ansprechendere Formatierung zu ermöglichen:

  • Bei langen Titeln kann ein von LaTeX gewählter Zeilenumbruch unschön wirken, da er den Titel ungleichmäßig aufteilt oder an einer ungünstigen Stelle umbricht. Daher kann man innerhalb des title-Elements mit dem leeren Element einen erzwungenen Zeilenumbruch einfügen. Dieser wird auf der Titelseite eingefügt, aber in der Liste im Anhang ignoriert.

  • Falls im Titel mathematische Notation verwendet wird, kann man die Fähigkeiten von LaTeX für Formelsatz ausnutzen. Gleichzeitig muß aber auch eine alternative Notation angegeben werden, um den Titel rein textuell darstellen zu könnnen. Beispiel:




Weitere automatisch generierte Dateien

Da die Informationen zu den Reports in XML vorliegen, drängen sich weitere Verarbeitungsmöglichkeiten geradezu auf. Derzeit werden zwei unterschiedliche Darstellungen generiert: Eine BibTeX-Datei und eine HTML-Datei.

Literaturverweise mit LaTeX und BibTeX

Um in einem mit LaTeX gesetzten Text leicht auf einen Report verweisen zu können, wird mit Hilfe einer Kombination aus Perl- und XSLT-Skript eine BibTeX-Datei erzeugt. Mit Hilfe des make-target techrprt.bib wird die Datei erzeugt, durch das target install-bibtex wird sie in das Verzeichnis /vol/tex-7/share/texmf-local/bibtex/bib/techrprt/ kopiert.

Die Einträge werden über Schlüssel der Form TFTR identifiziert, wobei der jeweiligen Report-ID entspricht.

Die BibTeX-Einträge könnten noch um einen Verweis auf eine online-Version des Reports erweitert werden (siehe nächsten Abschnitt). Da BibTeX derzeit keine standardisierte Methode anbietet, um URLs aufzunehmen, müßten die zur Verfügung stehenden Formalismen evaluiert werden.

Web-Seite mit allen Reports

Sinn macht eine Liste im Web nur dann, wenn die Reports tatsächlichen über sie verlinkt sind. Leider werden die Reports derzeit nicht zentral gesammelt, so daß eine vollständige Kollektion aller Dokumente nicht vorhanden ist. Ältere Reports werden auf dem ftp-Server der Universität gelagert. Neuere Reports können über den BieSOn-Dienst der Universitätsbibliothek veröffentlicht werden. Diverse andere Reports dürften vermutlich auf verschiedenen AG-Seiten oder den persönlichen Web-Seiten der Autoren zu finden sein.

Ein Verweis auf den BieSOn-Server hat diese Form:

Suffix Tree Construction and Storage with Limited Main Memory

Klaus-Bernd Schürmann
Jens Stoye


In diesem Fall sind sowohl die Informationsseite von BieSOn als auch die dortige PDF-Datei direkt verlinkt. Auf der Informationsseite gibt BieSOn einen (hoffentlich) stabilen URL an, den man zur Verlinkung verwenden sollte.

Weitere Aufgaben

Renate Schneider (renate@techfak) haelt noch eine seperate Liste von TechReports, deswegen sollte man ihr beim Anlegen neuer TRs eine Mail mit Autoren, Titel und TR-Nummer schicken.