Computational RNomics


Seminar im Hauptstudium NWI - SoSe 2004

Veranstalter:	Jens Reeder (jreeder(at)techfak...  -  M3-114)
Belegnummer:	392133
Zeit:	Donnerstag 14 ct - 16
Ort:	C01 - 249
Scheinkriterien:	45 minütiger Vortrag und schriftliche Ausarbeitung
	(6-10 Seiten)
Zuordnung:	Modul 8 (BioInf/Bachelor)
Voraussetzung:	Grundlagen der Genetik und der Sequenzanalyse sind
	hilfreich, jedoch nicht notwendig.

Lange Zeit wurde der RNA nur eine passive Rolle zugeschrieben, als einfacher Informationsträger von der DNA zum Protein. Dabei ist schon seit 20 Jahren bekannt, dass RNA katalytisch wirksam sein kann. So gibt es RNAs die sich selber zerschneiden (hammerhead ribozyme) bzw. splicen (group I/II introns). Auch im Ribosom, der Proteinfabrik, sind es höchstwahrscheinlich RNAs die die Hauptfunktionen ausführen. Mehrere Entdeckungen der letzten Jahre haben darüber hinaus gezeigt, dass kleine RNAs auch regulatorisch wirken können. Diese Entdeckungen wurden von Science als Durchbruch des Jahres 2002 gewürdigt.

Im Seminar sollen, nach einer biologischen Einführung, die bekanntesten Algorithmen zur Analyse von RNA Sequenzen besprochen werden:

Themenliste

1. Biologische Einleitung: was gibt es für RNA, welche Funktionen erfüllen RNAs, welche Strukturen gibt es?
2. Die ersten Algorithmen zur RNA Faltung: Nussinov '78 [1], Nussinov '80 [2], Zuker & Stiegler '80 [3].
3. The Equilibrium Partition Function: McCaskill '90 [4].
4. Suboptimal Foldings of an RNA: Zuker '89 [5], Wuchty '98 [6].
5. RNA Folding with pseudoknots [7] and [8].
6. RNAmotif [9].
7. Secondary Structure Prediction for aligned RNA Sequences: RNAalifold[10].
8. Simultaneous Solution of the RNA Folding, Alignment and Protosequence Problems: Sankoff '85 [11], FOLDALIGN [12].
9. tRNAscan-SE: Suche nach tRNA Genen in kompletten Genomen [13].
10. Vergleich von RNA Strukturen [14].

Einteilung der Vorträge

Datum	Vortragende/r	Thema des Vortrags	Literatur	Vortrag	Ausarbeitung
29.4	entfällt	-	-
6.5	Gregor Obernosterer	Eine biologische Einleitung in die RNA Welt		PDF
13.5	Patrick Zebedies und Nadine Bohn	Die ersten RNA Faltungsalgorithmen: Nussinov und Zuker/Stiegler	PDF PDF PDF
20.5	Himmelfahrt	-	-
27.5	Thea-Simone Tegtmeier	The Equilibrium Partition Funtion		PDF
3.6	Christin Zander und Rebecca Gau	Suboptimal Foldings of RNA Structures	PDF PDF		PDF
10.6	Fronleichnam	-	-
17.6	Stefan Holtkamp	RNA Folding with Pseudoknots	PDF PDF	PDF	PDF
24.6	Janina Reeder	RNAmotif	NAR
1.7	Dominik Mertens	RNAalifold	PS	PPT
8.7	Nadine Boley und Silke Szymczak	Sankoff-Algorithmus und FOLDALIGN	PDF PS PS	PDF	PDF
15.7		Verschoben auf 29.7	-
22.7	Sebastian Jünemann	Vergleich von RNA Strukturen	PDF
29.7	Frauke Lenz & Maik Tiemann	tRNAscan-SE	PDF		PDF

Hier noch einige Links zu interessanten Seiten rund um RNA:

• The RNA World
• Michael Zuker's RNA - Homepage
  
• The Vienna Group