Teaching in SoSe 2003


392001 Vorlesung	Algorithmen und Datenstrukturen II	Hofest�dt
	Die Vorlesung Algorithmen und Datenstrukturen II f�hrt wie Algorithmen und Datenstrukturen I in grundlegende Konzepte der Informatik ein. Beide behandeln Themen wie Spezifikation und Algorithmus, Korrektheit und Effizienz, Syntax und Semantik, etc. Zugleich erfolgt eine Einf�hrung in das objektorientierte Programmieren in Java. Vorkenntnisse: Algorithmen und Datenstrukturen I.


392002	�bung zu 392001 - Algorithmen und Datenstrukturen II	Niemann
�bung
	Die Einteilung der Uebungsgruppen sowie die Uebungstermine werden unter www.techfak.uni-bielefeld.de/~mniemann bekannt gegeben.



392011	Datenbanken I	Hofest�dt
Vorlesung	Zeit: Di, 14-16 Uhr Ort: U2-205
	Inhalte der Vorlesung: Relationen, Relationale Algebra, Konzeption einer Datenbank, ER-Modell, Realtionale Datenbanken, Architekturen von Datenbanken, Anfragesprachen, Architekturen verf�gbarer "Molekularer Datenbanken".


392012	�bungen zu 392011- Datenbanken I	Freier
�bung	Zeit: Di, 16-18 Uhr Ort: V2-213
	�bung zu Veranstaltung 392011 (s. oben)


392122	Metabolische Netzwerke / Virtuelle Zelle	Hofest�dt, Freier
Seminar	Zeit: Mi, 16-18 Uhr Ort: D5-113
	Die Aufkl�rung von Grundprinzipien des Stoffwechsels (Metabolismus) hat in den vergangenen Jahrzehnten wesentlich zum medizinischen Fortschritt beigetragen. Das vorhandene Wissen �ber normale und pathologisch (gest�rte) Funktionen von Organen und Geweben wurde erheblich erweitert. Daraus folgt die Tatsache, dass die genaue Analyse und Bewertung biologischer Tatbest�nde durch die un�berschaubare Komplexit�t der Informationen erschwert wird. Das Aufgabenspektrum spezialisierter Softwarewerkzeuge auf diesem Gebiet ist anspruchsvoll und breit gef�chert. Beginnend bei der Aufbereitung der Eingabedaten aus weltweit �ber 350 Datenbanken, �ber die topologische Analyse komplexer biologischer Netzwerke bis hin zur quantitativen Simulation und Visualisierung metabolischer und physiologischer Regelsysteme (Biokybernetik) kommen unterschiedlichste Algorithmen und Werkzeuge zum Einsatz. Im Seminar ,,Metabolische Netzwerke - Virtuelle Zelle" werden aktuelle Arbeiten auf diesem Gebiet recherchiert und im Rahmen von Kurzvortr�gen und Softwaredemonstrationen vorgestellt und diskutiert. Die erste Veranstaltung mit der Vergabe der Themen fand am 23. April um 14.00 Uhr in Raum D5-113 statt. Interessierte Teilnehmer k�nnen sich auch in die Liste - Raum D5-114 eintragen und/oder sich innerhalb der ersten beiden Semesterwochen f�r ein Thema entscheiden.


394001	Sequenzanalysepraktikum	Lorenz, R�egg
Praktikum	Zeit: Do, 14.00-16.00 Ort: V2
	Zu den t�glichen Aufgaben der Molekularen Biologie und Bioinformatik geh�rt die Benutzung einer wachsenden Anzahl von Software-Werkzeugen, die das Internet zur Verf�gung stellt. Dazu geh�rt der Zugriff auf die gro�en Datenbanken (GenBank, EMBL, etc.), "Suche nach Homologen Sequenzen", "Vergleich von Sequenzfamilien" und "Bestimmung von Sekund�r- und Terti�rstrukturen". Anhand biologisch motivierter Aufgabenstellungen werden Erfahrungen im Umgang mit diesen Werkzeugen vermittelt. Die Veranstaltung richtet sich an Studierende im Hauptstudium NWI/Biotechnologie und Studierende des B. Sc. Bioinformatik und Genomforschung im vierten Semester. Die Teilnehmerzahl ist beschr�nkt. Interessenten tragen sich bitte in die entsprechende Teilnehmerliste ein (Raum D5-116). Die �bung setzt Vorkenntnisse aus den Vorlesungen �Molekulare Genetik I und II" und �Grundlagen der Sequenzanalyse� voraus. Diese k�nnen auch parallel zur �bung, z.B. anhand des Skriptes �Grundlagen der Sequenzanalyse� von S. Kurtz erworben werden.


392124	Parallele Datenverarbeitung	Niemann
Seminar
	In dem Seminar werden Grundlagen der parallelen Datenverarbeitung vermittelt. Zu den moeglichen Themen gehoeren: Parallele Berechnungsmodelle Parallele Programmierparadigmen Cluster Architekturen Message Passing Weitere Informationen findet man unter www.techfak.uni-bielefeld.de/~mniemann


92134 Projektseminar	Mediabolics II	Lorenz, Kix
	Lehrveranstaltung l�uft seit dem WiSe 02/03. Es werden keine neuen Teilnehmer aufgenommen.


392164 Projektseminar	Automatisierte Modellierung und Simulation Molekularbiologischer Prozesse	Chen, K�hler
	Lehrveranstaltung l�uft seit dem WiSe 02/03. Es werden keine neuen Teilnehmer aufgenommen.


392130	Biologische Netzwerke	Whitehead, Skusa
Seminar		K�hler
	�kosysteme, Organismen und Zellen bestehen aus vielen hochvernetzten Komponenten. Konkrete Beispiele f�r Biologische Netze sind Stoffwechselwege, Genwirknetze und �kologische Nahrungsnetze. Die Analyse dieser Netzwerke ist unter anderem bei der Medikamentenentwicklung und der Untersuchung der Stabilit�t von �kosystemen von Bedeutung. Im Seminar geht es darum, wie biologische Fragestellungen unter Verwendung von graphtheoretischen Ans�tzen beantwortet werden k�nnen. Hierbei spielen verschiedene Techniken der Informatik eine Rolle, z.B. die Erzeugung von Netzwerken (Text Mining, Datenbankintegration, Labordaten), graphbasierte Analyse (Klassen von Graphen, Topologische Analyse) und die Visualisierung von Netzwerken. Die Lehrveranstaltung unterscheidet sich insofern von anderen Seminaren, als dass anstelle von �Reihum Vortr�gen�, die Teilnehmer alle Themen gemeinsam erarbeiten. Wie das genau funktioniert, wird am Vorbesprechungstermin, 24.4. um 13ct in D5-113 erl�utert.


392155 Projektseminar	Auswertung und Analyse von Mikroarray Ergebnissen	K�hler, Freier, Schmitt-John
	Das Projektseminar wird zusammen von der AG Bioinformatik und der AG Entwicklungsbiologie betreut. Studenten der Biologie und des Technischen Fakult�t (Studiengang NWI und Bioinformatik) k�nnen an der Lehrveranstaltung teilnehmen. Studenten der Biologie K�nnen die Lehr-veranstaltung auch als Seminar anrechnen lassen. Microarrays sind eine neue Technologie mit der man experimentell he-rausfinden kann, welche Gene in einem �kranken� Organismus im ver-gleich zu einem �gesunden� Organismus unterschiedlich exprimiert sind (hoch oder runter reguliert sind). Daher ist die Auswertung der Ergeb-nisse von Mikroarray Experimenten von gro�er angewandter Bedeu-tung. Um Microarray Ergebnisse angemessen interpretieren zu k�nnen, ist es besonders interessant, die Beziehung zu biologischen Systemen herzustellen, also zu analysieren an welcher Stelle im Metabolismus, bei der Genregulation etc. die unterschiedlich exprimierten Gene eine Rolle spielen. F�r diese Auswertung werden Genregulatorische Netze, Protein Interaktionsnetzwerke Metabolische Netzwerke etc. visualisiert und in Zusammenhang mit Mikroarray Ergebnissen analysiert. Von der Bioinformatik Seite spielen hierbei insbesondere Techniken der Datenbankintegration, Graphanalyse, Visualisierung von Netzwerken, XML und Datenbanken eine Rolle.


392139 Seminar	Arbeitsgemeinschaft Bioinformatik Zeit: Do, 11.00-12.30 Ort: D5-113	Hofest�dt, Lorenz
	Ausgew�hlte Themen der Bioinformatik