Medizinische Bioinformatik
und Systembiologie




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Teaching in WiSe 2008/09


392115   Modellierung und Simulation metabolischer Netzwerke    
Vorlesung   Zeit: Mo, 14 - 16 Uhr; Raum: C01-142   Hofestädt
Übung   Zeit: Do. 14 - 16 Uhr; Raum: D5-113   Kormeier
    Die Vorlesung gibt einen Überblick über die existierenden Modellansätze zur Modellierung metabolischer Netzwerke. Insbesondere wird die regelbasierte Modellierung sowie die Modellierung mit Petrinetzen vorgestellt. Anschlie?end erfolgt eine Überblick über die verfügbaren Datenquellen im Internet sowie die verfügbaren Simulatoren.

In dieser Übung werden verschiedene Themen aus der Vorlesung vertieft behandelt und praktisch nachvollzogen. Schwerpunkte der Übung sind: Design molekularer Datenbanken, dynamische Modellierung von Pathways und Datenvisualisierung.

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392117 Parallele Algorithmen    
Vorlesung   Zeit: Do, 14 - 16 Uhr; Raum: S2-143   Hofestädt
Übung   Zeit: n.V.; Raum: D5-113 / C5-153   Braun
    Ausgangspunkt ist die Definition paralleler Algorithmen. Grundlegende theoretische Modelle der parallelen Datenverarbeitung werden vorgestellt (z.B. Schaltkreise, P-RAM). Der Entwurf paralleler Algorithmen wird diskutiert. Grundkonzepte parallele Architekturen werden vorgestellt.

Parallele Algorithmen auf der Grundlage des "message passing" Konzeptes werden in der Übung am verfügbaren Parallelrechner implementiert und getestet.

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392112   Datenbanken I    
Vorlesung   Zeit: Do., 14 - 16 Uhr; Raum: H3   Töpel
Übungen   Zeit: Di., 14 - 16 Uhr in E01-108; Di., 16 - 18 Uhr in S2-137; Mi., 8 - 10 Uhr in S2-143; Mi., 12 - 14 Uhr in C0-259; Mi., 16 - 18 Uhr in S2-137   Töpel, Tutoren
    In der Vorlesung werden die folgenden Schwerpunkte gesetzt: grundlegende DB-Konzepte, Architekturen von DBS, Datenbankmodelle für den Entwurf und Realisierung, relationaler Datenbankentwurf, Datenbankdefinition und -anfragen mit SQL, Anwendungsprogrammierung.

In der Übung werden die Inhalte der Vorlesung anhand von Übungsaufgaben vertieft.

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392116   Seminar Petri-Netze   Hofestädt
Seminar   Zeit: n.V. (siehe Aushang); Raum: D5-113  
    Vorbesprechung: Mi., 14.10.2008; 11 Uhr; Raum D5-113

Im Seminar wird grundlegende und weiterführende Literatur zum Thema "Petri-Netze" behandelt. Zu den entsprechenden Themen werden durch die Teilnehmer Vorträge gehalten.

    Weitere Informationen
392126   Analyse metabolischer Netze   Hofestädt
Seminar   Zeit: n.V. (siehe Aushang); Raum: D5-113  
    Vorbesprechung: Mi., 14.10.2008; 12 Uhr; Raum D5-113

Im Seminar wird grundlegende und weiterführende Literatur zum Thema "Analyse metabolischer Netze" behandelt. Zu den entsprechenden Themen werden durch die Teilnehmer Vorträge gehalten.

    Weitere Informationen
392140   Integration und Analyse von Life-Science-Daten basierend auf einem Data Warehouse   Kormeier
Projekt   Zeit: n.V.; Raum: D5-113  
    Vorbesprechung: Mi., 14.10.2008; 16 Uhr; Raum D5-113

    Weitere Informationen
392147   Parallele Datenverarbeitung   Braun
Projekt   Zeit: n.V.; Raum: C5-153  
   

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392134
Projekt
  CELLmicrocosmos 4.1
Zeit: n.V. (siehe Aushang); Raum: C5-151
  Hofestädt, Sommer
    Vorbesprechung: Mi., 22.10.2008; 14:00 Uhr c.t.; Raum C5-151

Das interdisziplin�re CELLmicrocosmos-Projekt besch�ftigt sich mit der drei-dimensionalen Modellierung und Visualisierung von Zellen. Cm 4.1 baut auf den Ergebnissen einiger vorhergehender Projekte auf: Ein Zelleditor, der dreidimensionale abstrakte Zellmodelle erstellt, wurde in einem ersten Ansatz mit metabolischen Pfaden verkn�pft. Hierzu sollen nun unterschiedliche Layout-Verfahren und Algorithmen untersucht und implementiert werden ...

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392151   Projekt Bioinformatik   Giegerich, Hofestädt, Stoye
Projekt   Zeit: n.V.; Raum: n.V.  
   

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392187
Seminar
  Arbeitsgemeinschaft Bioinformatik
Zeit: Do, 11 Uhr ; Raum: D5-113
  Hofestädt
    Ausgewählte Themen der Bioinformatik

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