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Verbundprojekt CELLECT

Teilprojekt Datenbanken und Datenbankintegration

Der Schwerpunkt dieses Teilprojektes liegt in der projektübergreifenden Bereitstellung von Methoden aus dem Bereich Datenbanksysteme, dezentrale Datenhaltung und die Integration externer Daten-banken. Im Verbundprojekt werden Lösungen zur Datenvernetzung unter den Projektpartnern erarbei-tet, wodurch ein Kommunikations- bzw. Datennetzwerk aufgebaut wird, was die gezielte Integration von Daten und Analysemethoden im Projekt unterstützt. Die aus den MELK-basierten Proteom-Analysen und weiteren Laborexperimenten gewonnenen Daten werden in einer zentralen Datenbank gespeichert und gepflegt. Der automatische Zugang und die Analyse der Daten steht den Projektpart-nern zentral zur Verfügung.

Neben dem im Projekt gewonnen topologischen Proteomdaten präsentiert sich das heutige Wissen über molekulare Mechanismen in einem ständig wachsenden Datenbestand. Bereits heute sind über 300 molekularbiologische öffentliche Datenbanken via Internet verfügbar. In diesem Zusammenhang stellte die projektspezifische Nutzung dieser externen Datenbanken eine Möglichkeit dar, dieses Wis-sen in das Verbundprojekt einfließen zu lassen. Somit können die spezifischen Datenverarbeitungs- und Analysemethoden der Teilprojekte in einem weitaus globalerem Datenraum angewandt werden, was letztlich das Informationspotential erhöht. Die Berücksichtigung dieser externen Datenquellen er-höht die Aussage der Experimente und Analysen indem Querverbindungen und Zusammenhänge zu bereits vorhandenen Wissen aufgedeckt werden können. So können z.B. durch den automatischen Zugriff auf externe Datenbanken entsprechende Veröffentlichungen zu bestimmten Proteinstrukturen und -mustern, Signalketten, Vorhersagen von Proteintargets für bestimmte Krankheiten etc. ermittelt werden. Die relevanten Daten können dann anhand spezifischer Anforderungen extrahiert und bereit-gestellt werden. Die Notwendigkeit einer solchen Methode zur standardisierten Datenakquisition rückt verstärkt in den Vordergrund der aktuellen Forschungen der Bioinformatik. Neben der überwindung der physischen Datenverteilung und der damit verbundenen Heterogenität, ist die Berücksichtigung von nutzerspezifischen Anforderungen an integrierte Datenbestände ein wichtiger Aspekt. Dazu ge-hört auch die universelle Nutzbarkeit eines solchen Systems, was wiederum die Verwendung von standardisierten Schnittstellen und Anfragemöglichkeiten verlangt.

Diese beiden Aspekte werden im Kontext der Teilprojekte bearbeitet und in Werkzeugen resultieren, die eine zentrale Kommunikations-, Analyse- und Informationsverarbeitungsplattform für alle Projekt-partner zur Verfügung stellt.

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Link: http://tunicata.techfak.uni-bielefeld.de/cellect/

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