Vorlesung: Grundlagen der Sequenzanalyse I WS 2007/2008

Kurzbeschreibung

    Sequenzen sind allgegenwärtig. Texte und Programme, Gene und Proteine, Polygonzüge, Sprach- und Bildsignale und digitalisiertes Vogelzwitschern werden dargestellt als Zeichenfolgen über einem endlichen Alphabet. Entsprechend vielfältig sind die algorithmischen Fragestellungen. Oft ist dabei der Datenumfang sehr groß, so dass die algorithmische Komplexität von entscheidender praktischer Bedeutung ist.
    In der Vorlesung werden Algorithmen zum effizienten Vergleich von Sequenzen und zur Suche exakter und approximativer Muster in Sequenzen behandelt. Viele dieser Algorithmen sind durch bioinformatische Fragestellungen motiviert. Sie finden jedoch auch Anwendungen in anderen Bereichen wie z.B. der Textverarbeitung und der Datenkompression.

Voraussetzungen

Literatur

  • Altes(!) Skript zur Vorlesung. Ein neues Skript ist hier im Aufbau.
  • Prof. Volker Heun an der TU München hat auch eine gute Skriptsammlung.
  • Durbin et al.: Biological Sequence Analysis. Cambridge University Press (23. April 1998).
  • Mount, D.: Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. B&T; Auflage: 2 (30. September 2004).
  • Gusfield, D.: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences: Computer Science and Computational Biology. Cambridge University Press, New York, 1997.
  • Setubal, J. and Meidanis, J.: Introduction to Computational Biology. PWS Publishing, Boston, M.A., 1997.

Übungen

  • Do 12-14 Uhr in M3-115. Tutorin: Pina Krell
  • Do 14-16 Uhr in C01-243. Tutorin: Sandra Kästner
  • Fr 10-12 Uhr in U2-232. Tutor: Florian Kollin

  • Falls Ihr Hilfe beim Lösen der Übungsaufgaben benötigt: Im Tutorenraum im GZI (V2-228) sitzen (fast) rund um die Uhr hilfsbereite Tutorinnen und Tutoren, die Euch gerne unterstützen. Tutoren-Sprechzeiten

Zeitplan

Datum Vorlesung Übungsblatt Abgabe
16.10.2007 Organisatorisches... --- ---
23.10.2007 Einführung, Metriken.. blatt01.pdf 30.10.2007
30.10.2007 .. blatt02.pdf 06.11.2007
06.11.2007 Edit Distanz, q-gram Distanz blatt03.pdf 13.11.2007
13.11.2007 Maximal Matches Distanz, Filter blatt04.pdf 20.11.2007
20.11.2007 Distance versus Similarity blatt05.pdf 27.11.2007
27.11.2007 Pairwise Sequence Alignment blatt06.pdf alignment.txt 04.12.2007
04.12.2007 Smith-Waterman, Sub-optimale Alignments blatt07.pdf matrix.txt 11.12.2007
11.12.2007 Heuristische Methoden: FASTA, BLAST blatt08.pdf GPCRs.fasta 18.12.2007
18.12.2007 Suffixbäume: Eigenschaften, WODT blatt09.pdf 08.01.2008
08.01.2008 Alignment Statistics blatt10.pdf 15.01.2008
15.01.2008 Suffix Links, Ukkonen, Anwendungen blatt11.pdf 22.01.2008
22.01.2008 Suffix-Arrays blatt12.pdf 29.01.2008
29.01.2008 RNA-Faltung --- ---
05.02.2008 Klausur
01.04.2008 Nachklausur (bitte anmelden)



Scheinkriterien und Informationen zur Klausur

  • Grundlage für die Klausur ist das Skript zur Vorlesung. Auch in der Vorlesung übersprungene, aber in den Übungen behandelte Abschnitte sind prüfungsrelevant.
  • Für Studierende im 4. Semester BiG-Bachelor ist der erfolgreiche Abschluss des Moduls Algorithmen und Datenstrukturen Voraussetzung für die Teilnahme an der Klausur.
  • Weitere Voraussetzung für die Teilnahme an der Klausur ist das erfolgreiche Bearbeiten der Übungszettel (mindestens 50% der zu erreichenden Punkte).



Author: wgerlach