Algorithmen in der Bioinformatik


veranstalter
Stefan Janssen

art der veranstaltung
Seminar

sws
2

kommentar
In dem Seminar "Algorithmen in der Bioinformatik" sollen durch die Studierenden, moeglichst eigenstaendig, (klassische) Algorithmen, die in der Bioinformatik Verwendung finden, verstanden und erklaert werden. Der Schwerpunkt soll dabei auf Seiten des Praesentierens, Erklaerens und Aufschreibens liegen. Die Themenliste ist offen fuer geeignete Wuensche, einige Vorschlaege sind:
  • Einfuehrung in hidden Markov Modelle (HMM)
  • GpC Island Detector
  • tRNAscan-SE
  • Ein HMM als SAT Solver
  • Peptide Sequencing Problem
  • Biclustering Verfahren
  • HMMer
  • Covarianz Modelle
Anwesenheit ist freiwillig, aber sehr erwuenscht. Es koennen unabhaengig voneinander, allerdings fuer dasselbe Thema, 2 Leistungspunkte fuer ein Referat und 2 Leistungspunkte fuer eine schriftliche Ausarbeitung vergeben werden.

vorkenntnisse
Der Besuch einschlaegiger Veranstaltungen ueber Algorithmik wird empfohlen, wie z.B. A&D oder Sequenzanalyse.

literatur
Richard Durbin, Sean R. Eddy, Anders Krogh, Graeme Mitchison: Biological Sequence Analysis., .
Pavel A. Pevzner: Computational Molecular Biology., .
Srinivas Aluru: Handbook of Computational Molecular Biology., .

 
Fri Dec 19 10:54:56 CET 2014