Klassische Algorithmen der Bioinformatik 


veranstalter
Michael Beckstette

art der veranstaltung
Seminar

sws
2

kommentar
Obwohl die Bioinformatik noch eine relativ junge Forschungsdisziplin ist, hat sie schon eine Reihe wegweisender Algorithmen hervorgebracht, die auch Auswirkungen auf andere Gebiete der Informatik hatten und haben. Dieses Seminar versucht einen Überblick über die wichtigsten Entwicklungen und Ergebnisse im Bereich der algorithmischen Bioinformatik zu geben. Hierzu sollen die englischsprachigen Originalpublikationen dieser "Klassiker" gelesen werden und im Rahmen eines Vortrages im Seminar präsentiert werden.

Abschluss:
Voraussetzung für eine Leistungsbescheinigung ist die regelmäßige und aktive Teilnahme am Seminar, sowie die Präsentation eines Themas in Form eines 30-45 minütigen Vortrags und einer Ausarbeitung (beides auf Wunsch benotet). Themenvergabe erfolgt am ersten Seminartermin.

Mögliche Themen sind:
  • Pairwise and multiple sequence alignment
  • Heuristic sequence alignment algorithms
  • Full text index structures
  • Whole genome alignment algorithms
  • Consensus models in sequence analysis
  • RNA folding

vorkenntnisse
Das Seminar setzt Vorkenntnisse aus den Vorlesungen "Grundlagen der Sequenzanalyse" und "Algorithmen und Datenstrukturen I+II" voraus.

literatur
Gusfield, Dan: Algorithms on Strings, Trees, and Sequences.Cambridge University Press, 1997.
Durbin, R., Eddy, S., Krogh, A., Mitchison, G.: Biological sequence analysis. Probabilistic models of proteins and nucleic acids.Cambridge University Press, 1998.
Mount, David W.: Bioinformatics. Sequence and Genome Analysis. Second Edition.Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004.
Lewin, Benjamin: Genes VIII.Pearson Prentice Hall, 2004.

 
Fri Dec 19 10:54:56 CET 2014