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Computational RNomics


Seminar im Hauptstudium NWI - SoSe 2004




Veranstalter: Jens Reeder (jreeder(at)techfak...  -  M3-114)
Belegnummer: 392133
Zeit: Donnerstag 14 ct - 16
Ort: C01 - 249
Scheinkriterien: 45 minütiger Vortrag und schriftliche Ausarbeitung
  (6-10 Seiten)
Zuordnung: Modul 8 (BioInf/Bachelor)
Voraussetzung: Grundlagen der Genetik und der Sequenzanalyse sind
  hilfreich, jedoch nicht notwendig.


Lange Zeit wurde der RNA nur eine passive Rolle zugeschrieben, als einfacher Informationsträger von der DNA zum Protein. Dabei ist schon seit 20 Jahren bekannt, dass RNA katalytisch wirksam sein kann. So gibt es RNAs die sich selber zerschneiden (hammerhead ribozyme) bzw. splicen (group I/II introns). Auch im Ribosom, der Proteinfabrik, sind es höchstwahrscheinlich RNAs die die Hauptfunktionen ausführen. Mehrere Entdeckungen der letzten Jahre haben darüber hinaus gezeigt, dass kleine RNAs auch regulatorisch wirken können. Diese Entdeckungen wurden von Science als Durchbruch des Jahres 2002 gewürdigt.

Im Seminar sollen, nach einer biologischen Einführung, die bekanntesten Algorithmen zur Analyse von RNA Sequenzen besprochen werden:


Themenliste

  1. Biologische Einleitung: was gibt es für RNA, welche Funktionen erfüllen RNAs, welche Strukturen gibt es?
  2. Die ersten Algorithmen zur RNA Faltung: Nussinov '78 [1], Nussinov '80 [2], Zuker & Stiegler '80 [3].
  3. The Equilibrium Partition Function: McCaskill '90 [4].
  4. Suboptimal Foldings of an RNA: Zuker '89 [5], Wuchty '98 [6].
  5. RNA Folding with pseudoknots [7] and [8].
  6. RNAmotif [9].
  7. Secondary Structure Prediction for aligned RNA Sequences: RNAalifold[10].
  8. Simultaneous Solution of the RNA Folding, Alignment and Protosequence Problems: Sankoff '85 [11], FOLDALIGN [12].
  9. tRNAscan-SE: Suche nach tRNA Genen in kompletten Genomen [13].
  10. Vergleich von RNA Strukturen [14].

Einteilung der Vorträge


Datum
Vortragende/r
Thema des Vortrags
Literatur
Vortrag
Ausarbeitung
29.4
entfällt
-
-


6.5
Gregor Obernosterer
Eine biologische Einleitung in die RNA Welt

PDF

13.5
Patrick Zebedies und Nadine Bohn
Die ersten RNA Faltungsalgorithmen: Nussinov und Zuker/Stiegler
PDF PDF PDF


20.5
Himmelfahrt
-
-


27.5
Thea-Simone Tegtmeier
The Equilibrium Partition Funtion

PDF
3.6
Christin Zander und Rebecca Gau
Suboptimal Foldings of RNA Structures
PDF PDF

PDF
10.6
Fronleichnam
-
-


17.6
Stefan Holtkamp
RNA Folding with Pseudoknots
PDF PDF
PDF
PDF
24.6
Janina Reeder
RNAmotif
NAR


1.7
Dominik Mertens
RNAalifold
PS
PPT

8.7
Nadine Boley und Silke Szymczak
Sankoff-Algorithmus und FOLDALIGN
PDF PS PS
PDF
PDF
15.7

Verschoben auf 29.7
-


22.7
Sebastian Jünemann
Vergleich von RNA Strukturen
PDF


29.7
Frauke Lenz & Maik Tiemann
tRNAscan-SE
PDF

PDF


Hier noch einige Links zu interessanten Seiten rund um RNA:




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Jens Reeder 2004-04-23