Medizinische Bioinformatik
und Systembiologie




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Teaching in SoSe 2010


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  Medizinische Wissensverarbeitung    
Vorlesung   Zeit: Mo, 14 - 16 Uhr; Raum: D5-113   Kormeier
Übung   Zeit: Mi, 16 - 18 Uhr; Raum: D5-113   Kormeier, Braun
    Die medizinische Wissensverarbeitung ist ein wesentliches Gebiet der �Medizinischen Informatik�. Die molekulare Biologie in Kombination mit den Methoden der Bioinformatik hat auch dieses Gebiet in den vergangenen Jahren neu pr�gen k�nnen. Der diagnostische Einsatz der Methoden des fallbasierten Schlie�ens (Case Based Reasoning) sowie der kausal probabilistischen Netze werden in dieser Vorlesung zentral behandelt.

Es werden die Themen der Vorlesung anhand von theoretischen und praktischen �bungsaufgaben vertieft.

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Biomedizinische Informationssysteme    
Vorlesung   Zeit: Mi, 14 - 18 Uhr; Raum: C01-243; 14-täglich   Töpel
Übung   Zeit: Mi, 8 - 10 Uhr; Raum: S2-121   Shoshi
    Zunächst erfolgt die Definition und Diskussion des klassischen Begriffs der Informationsverarbeitung und der Informationssysteme. Außerdem werden grundlegende Bemerkungen zu Ontologien und Datenaustauschformaten gemacht, sowie relevante Beispiele aus der Praxis vorgestellt. Im Anschluß erfolgt eine Einführung in die typischen Datenquellen im Bereich der molekularen Medizin. Auf der Grundlage unterschiedlicher Integrationsansätze werden existierende Werkzeuge zur Integration heterogener Datenquellen diskutiert. Abschließend wird eine Einführung in die grundlegenden Techniken zur Entwicklung web-basierter Informationssysteme gegeben.

Mit theoretischen und praktischen Übungen werden die Themen der Vorlesung vertieft.

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392165   Integration und Analyse biologischer Netzwerke   Kormeier, Janowski
Projekt   Zeit: Mi, 14 - 16 Uhr; Raum: D5-113  
   

Vorbesprechung: n.V.; D5-113

    Weitere Informationen
392178   Message Passing Programming   Braun
Projekt   Zeit: n.V.; Raum: C5-153    
   

Vorbesprechung: n.V.; C5-153

    Weitere Informationen
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Projekt
  CELLmicrocosmos 3.2: Cell Modelling
Zeit: Vorbesprechung: Mi, 21.04.2010, 14:00 Uhr c.t.; Raum: C5-151
  Sommer
   

Der CELLmicrocosmos CellEditor (Cm3) ist ein Programm, mit welchem auf einfache Weise eine abstrakte Zelle generiert werden kann, welche z.B. zur drei-dimensionalen Lokalisierung metabolischer Netzwerke genutzt werden kann. Und hier setzt unser neues Projekt an: Die abstrakten Zellmodelle sollen durch komplette und/oder fragmentarische Modelle ersetzt werden, welche von 3D mikroskopischen Datensätzen abgeleitet wurden. Aber auch für programmiertechnisch Interessierte gibt es genug zu tun!

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