Teaching in WiSe 2002/03

Automatisierte Modellierung und Simulation Molekularbiologischer Prozesse

Ziel des Projektseminars ist die Konzipierung und Realisierung eines Werkzeuges zur Simulation molekularbiologischer Prozesse. Die Simulation soll hierbei auf der Basis einer bestimmten Art von Graphen (Petri-Netze) erfolgen, f�r die bisher kein geeignetes Werkzeug zum Einsatz f�r biologische Zwecke existiert. Die f�r die Simulationen molekularbiologischer Prozesse erforderlichen Daten in Form von Reaktionsgleichungen sind in weltweit verteilten Datenbanken �ffentlich zug�nglich. Um diese Daten nicht manuell erfassen zu m�ssen, soll das Werkzeug den automatischen Datenimport unterst�tzen. Aus diesen Daten sollen dann Petri-Netze automatisch erzeugt werden, die sowohl manuell erweiterbar als auch direkt simulierbar sind. Weitere Aspekte des Werkzeuges sind z.B. die Anbindung einer Datenbank zur Speicherung der automatisch importierten Daten, die Umsetzung geeigneter Zugriffs- und Navigationsm�glichkeiten zu den Modellen, die graphische Auswertung von Simulationsl�ufen sowie ein XML-basiertes Austauschformat.Das Werkzeug soll in der Programmiersprache Java entwickelt werden, wobei soweit wie m�glich OpenSource verf�gbare Programmpakete und Komponenten verwendet werden (z.B. die Datenbank PostgreSQL).