Teaching in WiSe 2004/05

Vorlesung Modellierung und Simulation metabolischer Netzwerke

• Design molekularer Datenbanken
• Dynamische Modellierung von Pathways
• Datenvisualisierung

�bungen zur Vorlesung Modellierung und Simulation metabolischer Netzwerke (392117)

In der �bung Modellierung u. Simulation metabolischer Wirknetze werden  verschiedene Themen aus der Vorlesung vertieft behandelt und praktisch nachvollzogen. Schwerpunkte der �bung sind:

• Design molekularer Datenbanken
• Dynamische Modellierung von Pathways
• Datenvisualisierung

Es werden aktuelle Forschungsergebnisse in verschiedenen Vortr�gen besprochen.

Vorbesprechung:

1. Termin 12.10.2004 10h c.t. Raum: D5-113

2. Termin 08.12.2004 10h c.t. Raum: D5-113

Block:

1. Termin 12.01.2005, 10:00h c.t. Raum: D5-113

2. Termin 26.01.2005, 10:00h c.t. Raum: D5-113

Ausgangspunkt ist die Definition paralleler Algorithmen. Grundlegende theoretische Modelle der parallelen Datenverarbeitung werden vorgestellt (z.B. Schaltkreise, P-RAM). Der Entwurf paralleler Algorithmen wird diskutiert. Grundkonzepte parallele Architekturen werden vorgestellt. Parallele Algorithmen auf der Grundlage des "message passing" Konzeptes werden in der �bung am verf�gbaren Parallelrechner implementiert und getestet.

In dem Projekt werden L�sungen zu aktuellen Problematiken im Bereich der Programmierung von Message Passing Systemen erarbeitet. Im wesentlichen geht es um die Darstellung von Message Transfers in parallelen Systemen. Je nach Teilnehmerzahl k�nnen die genauen Aufgaben jedoch noch variieren.

Kernthemen des Projektes:

• Programmierung mit C++
• Anbindung der Graphic Library QT
• Message Passing Environment [MPE]
• Visualisierung von Transfer Logs

Gute C++ und Linux Kenntnisse sind erw�nscht, jedoch keine absolute Bedingung.
Das initiale Treffen sollte in der ersten Semester Woche stattfinden. Genauere Angaben findet man unter:
www.techfak.uni-bielefeld.de/~mniemann/

Falls ihr Fragen habt schreibt einfach eine Mail an:  Niemann

In diesem Seminar werden theoretisch und praktisch VR-Konzepte f�r den Anwedungsbereich der Systembiologie diskutiert. Dazu wird Literatur und Software zu den folgenden Themen behandelt:

• VR-Concepts in General
• VR in Bioinformatics: Genomics, Transcriptomics, Proteomics, Metabolomics
• Volume Rendering and Interactive Visualization of Biological and Medical Datasets
• Data Mining Capabilities for Drug Discovery
• Interactive Molecular Dynamics VR Software
• VR in Systemsbiology Education
• ...

Zur praktischen Illustration steht eine VR-Umgebung (Powerwall) zur Verf�gung.
Interessenten tragen sich in die Teilnehmerliste ein (Raum D5-116).
Die Vorbesprechung findet am Montag 11.10.2004, 16.00 Uhr in D5-113 statt.

In diesem Seminar werden diverse Methoden zur Simulation biochemischer Reaktionen behandelt. Dazu wird Literatur zu den folgenden Bereichen diskutiert:

• Representation of Chemical Compounds/Structures and Chemical Reactions
• Calculation of Physical and Chemical Data:
  Empirical Approaches; Ordinary Differential Equations (ODE); Petri-Nets, Molecular Mechanics, Molecular Dynamics
• ...

Interessenten tragen sich in die entsprechende Teilnehmerliste ein (Raum D5-116). Die Vorbesprechung findet am Montag 11.10.2004, 14.00 Uhr in D5-113 statt.

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Seminar

Arbeitsgemeinschaft Bioinformatik
Zeit: n.V. ; Ort: D5-113

Ausgew�hlte Themen der Bioinformatik

Im Rahmen dieser Veranstaltung sollen zun�chst grundlegende Konzepte von Datenbanken und Informationssystemen vorgestellt werden. Darauf aufbauend folgt die Pr�sentation der bedeutendsten molekularbiologischen und medizinischen Datenquellen. Au�erdem werden Anforderungen und Ans�tze der Datenintegration von biomedizinischen Daten untersucht.