Medizinische Bioinformatik
und Systembiologie




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Teaching in WiSe 2005/06


392149 Parallele Algorithmen Niemann
Vorlesung Zeit: Do, 14 - 16 Uhr; Raum: V2-200  
  Ausgangspunkt ist die Definition paralleler Algorithmen. Grundlegende theoretische Modelle der parallelen Datenverarbeitung werden vorgestellt (z.B. Schaltkreise, P-RAM). Der Entwurf paralleler Algorithmen wird diskutiert. Grundkonzepte parallele Architekturen werden vorgestellt.

 
392150 �bungen zu 392149 - Parallele Algorithmen Niemann
�bung Zeit: NN; Raum: NN  
  Parallele Algorithmen auf der Grundlage des "message passing" Konzeptes werden in der �bung am verf�gbaren Parallelrechner implementiert und getestet.

 
392164 Modellierung und Simulation metabolischer Netzwerke T�pel
Vorlesung Zeit: Di, 14 - 16 Uhr; Raum: D5-113  
  Die Vorlesung gibt einen �berblick �ber die existierenden Modellans�tze zur Modellierung metabolischer Netzwerke. Insbesondere wird die regelbasierte Modellierung sowie die Modellierung mit Petrinetzen vorgestellt. Anschlie�end erfolgt eine �berblick �ber die verf�gbaren Datenquellen im Internet sowie die verf�gbaren Simulatoren.

 
392165 �bungen zu 392164 - Modellierung und Simulation metabolischer Netzwerke Prins
�bung Zeit: n.V.; Raum: D5-113  
  In dieser �bung werden verschiedene Themen aus der Vorlesung vertieft behandelt und praktisch nachvollzogen. Schwerpunkte der �bung sind: Design molekularer Datenbanken, dynamische Modellierung von Pathways und Datenvisualisierung.

 
392167 Analyse und Simulation - Tools for Bioinformatics Niemann, Prins
Projekt Zeit: Mo. 14:00 c.t.; Raum: C5-153  
  

Ziel des Projekts ist es eine Bioinformatics-Workbench aufzubauen.

Es soll dabei eine Linux-Live-CD entwickelt werden, die nahezu alle relevanten (frei erh�ltlichen) Softwarewerkzeuge f�r Bioinformatiker und Biotechnologen bereitstellt. Sie soll nach Fertigstellung  in Forschung und Lehre eingesetzt werden.

Besonderes Augenmerk wird auf hohe Kompatibilit�t und Performanz des Gesamtsystems gelegt.

Die Grundlage sollen daher sogenannte Mini-Distros bilden, wie z.B. Feather-Linux, Damn-Small-Linux oder Morphix, etc.

Ergebnisse

 
392166 Analyse metabolischer Netzwerke T�pel
Seminar Zeit: Di, 16 - 18 Uhr; Raum: D5-113 
  Im Seminar wird grundlegende und weiterf�hrende Literatur zum Thema "Metabolische Netzwerke" behandelt. Zu den entsprechenden Themen werden durch die Teilnehmer Vortr�ge gehalten.

 
392188
Seminar
 Arbeitsgemeinschaft Bioinformatik
Zeit: Do, 13 - 14 Uhr; Ort: D5-113
 T�pel
  Ausgew�hlte Themen der Bioinformatik